Метод анализа научных систем знаний играет важную роль в эмпирических и теоретических исследовательских задачах: при выборе исходной теории, гипотезы для разрешения избранной проблемы; при разграничении эмпирических и теоретических знаний, полуэмпирических и теоретических решений научной проблемы; при обосновании эквивалентности или приоритетности применения тех или иных математических аппаратов в различных теориях, относящихся к одной и той же предметной области; при изучении возможностей распространения ранее сформулированных теорий, концепций, принципов и т.д. на новые предметные области; обосновании новых возможностей практического приложения систем знаний; при упрощении и уточнении систем знаний для обучения, популяризации; для согласования с другими системами знаний и т.д.

В качестве общенаучных методов познания выступают методологические подходы к исследованию. Исследовательский подход может выступать в двух значениях. В первом значении подход рассматривается как некоторый исходный принцип, исходная позиция, основное положение или убеждение исследователя. Например: системный подход, функциональный подход (в технике), личностный, деятельностный подход в психологии и в педагогике, причем нередко их объединяют и говорят о личностно-деятельностном подходе. В последнее время стали стремительно развиваться в гуманитарных и общественных науках антропологический подход, культурологический подход и т.д.

Во втором значении исследовательский подход рассматривается как направление изучения предмета исследования. Подходы этого рода имеют общенаучное значение, применимы к исследованиям в любой науке. Более того, задумывается исследователь об этом или нет, он обязательно строит свою работу в русле тех или иных исследовательских подходов – как у Мольера, герой которого был чрезвычайно удивлен, когда узнал, что он всю свою жизнь говорит прозой. Эти подходы классифицируются по парным категориям диалектики, отражающим полярные стороны, направления процесса исследования: содержание и форма, историческое и логическое, качество и количество, явление и сущность и т.д.