Организационно-управленческие вопросы на занятиях выполняет дежурный учитель. Он в соответствии с планом, предварительно составленным учительской кооперацией, формирует разные временные учебные группы и пары (учитель-ученик, ученик-ученик), дает конкретные задания ученикам (где, как и с кем ученик будет осваивать учебный материал), решает проблемы, возникающие в ходе занятий, фиксирует выполнение учебного плана учителями, учащимися. Все учителя и учащиеся подотчетны дежурному учителю, после выполнения каждого задания они отмечаются у дежурного учителя и получают следующее. У него находится необходимый дидактический материал.

Во время занятий учитель-предметник является носителем содержания по своему предмету: объясняет новый материал, организует обобщение полученного, проверяет уровень знаний. Он работает только с теми учениками, которых к нему направляет дежурный учитель в соответствии с предварительным планом занятия. Работа может проходить как с отдельными учениками, так и с группами (малыми и большими).

У учителя-ассистента две линии работ. С одной стороны, выполняет поручения дежурного учителя и предметника, например, по возможности осуществляет некоторые виды контроля, оказывает помощь по содержанию предмета. С другой стороны, «не вникая» в предмет, работает над умениями взаимодействовать в парах и малых группах; занимается формированием надпредметных навыков учащихся, общих умений коммуникации (читать и слушать с пониманием разные по типу тексты, излагать свои мысли устно и письменно), умений учить других, работать самостоятельно.

Функция отслеживания освоения предметных знаний остаётся за учителем-предметником. Отличительной особенностью такого контроля является то, что учитель не может осуществлять контроль для всех учащихся коллектива сразу, так как школьники изучают разное содержание. Поэтому контроль предметного содержания осуществляется в индивидуальном порядке. Контроль может проводиться как в процессе изучения материала, так и по его завершению. В зависимости от цели его могут проводить учителя-предметники, ассистенты либо знающие ученики.