У учителя-ассистента две линии работ. С одной стороны, он выполняет поручения дежурного учителя и предметника, например, по возможности осуществляет некоторые виды контроля, оказывает помощь по содержанию предмета. С другой стороны – отслеживает качество работы методикам коллективных учебных занятий в сводных отрядах и парах; занимается формированием надпредметных навыков учащихся, общих умений коммуникации (умений читать и слушать с пониманием разные по типу тексты, излагать свои мысли устно и письменно), умений учить других и учиться самому; учит работать самостоятельно.

Целостность учебного процесса удерживается дежурным учителем. Он в соответствии с планом, предварительно составленным учительской кооперацией, формирует разные временные учебные группы и пары (учитель-ученик, ученик-ученик), дает конкретные задания ученикам (где, как и с кем ученик будет осваивать учебный материал), осуществляет оперативную коррекцию учебного процесса, фиксирует выполнение учебного плана учителями и учащимися. Все учителя и учащиеся подотчётны дежурному учителю, после выполнения каждого задания они отмечаются у дежурного учителя и получают следующее.

В соответствии с расписанием недельных погружений в отдельные предметы в учительской кооперации происходит перераспределение позиций.