С другой стороны, если каждый ученик имеет свою образовательную программу, свой индивидуальный маршрут, темп продвижения и осваивает материал за счёт разнообразных взаимодействий с другими, то коллективные учебные занятия нуждаются в особом типе управления. И здесь недостаточно деятельности только учительской кооперации. Каждый ребенок не только учится и учит, но и каждый включен в управленческую деятельность. Только тогда он в полной мере является субъектом учебного процесса.

Для этого в не классно-урочной школе, кроме «пространства учебных занятий», есть специальное место для «рефлексии и программирования». За счет рефлексии, программирования и проектирования и т.п., в которые включаются все – и это особо стоит подчеркнуть – все педагоги и ученики, происходит управление учебно-воспитательным процессом.

Ученики включены в организацию, рефлексию и управлению учебным процессом через такие структуры, как постоянные отряды, совет командиров, общий сбор. Кроме этого, в самом учебном процессе они могут выполнять разные функции, например, вести учет, помогать дежурному учителю, быть командирами сводных отрядов.

В традиционной же школе моменты рефлексии и проектирования возникают, как правило, для решения сиюминутных проблем и трудностей и заранее не планируются, для них не выделено специальное время и место.