Описанный нами механизм воссоздания звуковой формы слова при чтении требует совсем другой ориентации в звуковой системе языка, совсем другого анализа. Этот анализ, в отличие от принятого в традиционной методике, мы назовем фонемным анализом.

Под фонемным анализом мы понимаем: во-первых, выяснение порядка следования фонем в слове; во-вторых, установление различительной функции; в-третьих, выделение основных фонематических противопоставлений, свойственных данному языку.

Из этого следует, что фонемный анализ не служит исключительно практической цели — выделению фонемы и связыванию ее с буквой, а имеет более широкие задачи. Он должен дать ребенку ориентацию в звуковой системе языка, без которой невозможно сформировать действие воссоздания звуковой формы слова, то есть невозможно научить читать.

Тем самым выделяется особый этап в обучении, в задачу которого входит введение ребенка в фонемную (звуковую) систему языка. Это задача широко познавательная, и такой предварительный курс имеет значение не только для обучения чтению, но и для всего последующего изучения родного языка — для усвоения грамматики, поэтического языка, синтаксиса.  Обучение  чтению  — лишь одна из «веточек», исходящих из ориентации в фонемной системе языка; «веточка» важная, но не единственная.

На первый взгляд может показаться, что такая работа является излишней. Ведь уже очень рано, в конце первого — начале второго года жизни, дети различают слова, отличающиеся друг от друга всего лишь одной фонемой. Даже очень маленький ребенок различает слова папа, баба, хотя фонематические отличия этих слов минимальны. Однако это вовсе не означает, что ребенок уже отделил звуковую, материальную оболочку слов от их значений и выделяет в звуковой оболочке те фонетические различия, которые служат основой дифференциации слов. Если спросить у ребенка, еще не обучавшегося чтению, чем отличаются слова дом и дым, он без размышлений ответит: «Дом — это где живут, а дым из трубы идет». Для него эти слова различаются прежде всего значениями.