Новый период деятельности Якоби начался после приезда его в Мюнхен, где в то время жил и работал еще молодой, но уже овеянный славой Шеллинг. Якоби стал президентом Мюнхенской академии. В 1811 г. он опубликовал работу «О божественных вещах и их откровении», вызвавшую чрезвычайно резкий ответ Шеллинга.

При изучении произведений Якоби, направленных против рационализма, против просветителей и критицизма Канта, необходимо учитывать двойственность его критических выступлений. Так же как и Гаман, Якоби одновременно и раскрывает в своей критике реакционную цель своих стремлений и выявляет действительно слабые стороны рационализма, рассудочной метафизической логики и теории познания. Историческое значение этой критики Якоби в том, что некоторые ее результаты использовали корифеи немецкой идеалистической диалектики Фихте и Гегель, несмотря на глубокое отличие их взглядов от философии Якоби.

Заслуживает внимания аргументация, которую Якоби применяет в своей критике опосредствованного знания. Знание это — доказывающее знание. Но всякое доказывающее знание предполагает в качестве своего важнейшего условия закон достаточного основания. В свою очередь закон этот выражает мысль, что всякое целое существует раньше любой своей части. В чисто логическом плане закон достаточного основания предполагает, что между основанием и следствием существует лишь отношение одновременности. При рассмотрении отдельных составных частей мира в качестве их основания может быть указан лишь мир в целом. В сущности в этом и состоит, по Якоби, цель всякого доказательства. Но так как основание всегда первичнее обоснованного, то отсюда Якоби заключает, будто всякая попытка доказать опосредствованным путем существование чего бы то ни было внутренне противоречива.

Закон достаточного основания Якоби сближает (так же как и Вольф) с законом тождества. По утверждению Якоби, всякое опосредствованное, то есть обосновывающее, мышление может связывать мысли только по закону тождества. Но так как всякое обоснование в свою очередь может сводиться только к чему-то уже обоснованному, то в границах доказательства мы никогда не имеем непосредственного знания. А это, по Якоби, значит, что доказывающее, всегда опосредствованное знание никогда не может проникнуть за пределы связей природы и выйти из области механицизма. Именно отсюда Якоби делает вывод, что всякое демонстративное, опосредствованное знание с необходимостью ведет к фатализму (см. 63, 223).