Понимаемому таким образом рассудку с его формами опосредствованного знания Якоби противопоставляет чувство. Он предпочитает чувство не потому, что думает, будто на чувстве основывается религиозная вера, и не потому, что, по его мнению, чувство — источник удовольствия. В чувстве он видит исконную силу жизни. Чувство ценно для него прежде всего как условие деятельности и как орган деятельности. Как такое условие и как такой орган, чувство, по Якоби, независимо от деятельности мысли. Это спонтанная способность человеческой личности к восприятию данных внутреннего и внешнего мира.

Как и учение Гамана, философия чувства Якоби была направлена против рационализма и рационалистического Просвещения. Якоби не только критиковал односторонность механистических методов рационализма и абстрактность Просвещения; он разгадал логику развития науки и философии, вооруженной средствами рационального знания — формами понятий и умозаключений. Он понял, что учение о природе логически приводит к натурализму, к освобождению от иллюзий воображения, чувства и веры. Но именно против этого результата Якоби восставал со всем воодушевлением, на какое он был способен. Общее направление всей его деятельности реакционно. Якоби был реакционером не только в своем отрицании форм рассудочного мышления и познания. Верно угадав связь между буржуазным освободительным и революционным движением XVII—XVIII столетий и успехами натуралистического мировоззрения и рационалистической философии, он враждебно отнесся к французской буржуазной революции, устрашился идейного движения французских материалистов и атеистов, подготовившего эту революцию.

Обстоятельства жизни Якоби способствовали его знакомству с этим движением. Во время своего пребывания в Женеве он изучал французскую философию, работы Боннэ, общался с людьми, близкими к Руссо. В 1785 г. в Берлине вышло первое издание его «Писем к Мендельсону об учении Спинозы». Впоследствии начатая им полемика с Моисеем Мендельсоном привела к разрыву с берлинскими просветителями. Против них Якоби направил свое сочинение «О разуме, который вовсе не есть разум» (1788). В 1789 г. Якоби выпустил новое, расширенное издание писем о Спинозе. В качестве приложения к нему было напечатано извлечение из книги Джордано Бруно «О причине, начале и едином». В 1799 г. Якоби опубликовал «Послание к Фихте» («Sendschreiben an Fichte») — одно из важнейших его философских произведений, а в 1801 г. вышло его сочинение «О попытке критицизма свести разум к рассудку».