Сообразно такому пониманию педагогической антропологии складывалась структура самого произведения Ушинского. В нем он реализовывал понимание развития как цепи переходов. От физиологических процессов — к психофизиологическим, от них — к душевным, собственно психологическим и, наконец, к психоидеологическим (духовным). Эти последние (язык, нравственность и т.д.) порождаются не жизнью отдельного индивида, а исторической жизнью народа и человечества.

Изменчивость или податливость к внешним влияниям и одновременно устойчивость образовавшихся свойств в наибольшей степени характерны для нервной системы, которой посвящены основные главы физиологической части труда Ушинского. Этому почти не уделялось внимания историографией педагогики и психологии, возможно, вследствие того, что в труде Ушинского видели лишь психологию или теорию педагогики, а не педагогическую антропологию.

Между тем биологические идеи Ушинского и его подход к физиологии и психологии с педагогических позиций актуальны до сих пор, несмотря на устарелость фактического содержания физиологической части его труда. Для современности труд Ушинского более всего важен именно этими попытками понять целостность человеческой природы.

Ушинский стремился объяснить «происхождение чувствований из органических причин», взаимоотношения чувствований органических и душевных, выясняя роль энергетических (метаболических) и рефлекторных процессов в различных психических феноменах, включая и наиболее сложные, например, характер.

Но та или иная судьба этих свойств в развитии человека, отмечал Ушинский, определяется не ими самими, а социальным и нравственным развитием личности, ценностями и целями ее жизни, деятельностью человека в обществе. Именно в этом смысле душевная и духовная жизнь человека влияет на его физическое развитие, определяя меру развитости и направление развития органических свойств человека. Отношения между физическим (органическим), душевным и духовным в концепции Ушинского представляют не столько отношения между разными сторонами развития, сколько отношения между различными уровнями развития.