Фрейд тщательно избегал количественного описания эмпирических данных, в связи с чем невозможно определить статистическую значимость и надежность его наблюдений. В скольких случаях, например, он обнаружил связь между паранойей и гомосексуальностью, между истерией и фиксацией на оральной стадии, между желанием и фобией, между первичной сценой и нестабильностью взрослого? Как много случаев того или иного типа он изучил и как они возникли? На основании каких измерений и критериев случай относится к той или иной клинической категории? Сверял ли Фрейд свои интерпретации с мнением другого компетентного аналитика, чтобы установить надежность своих суждений? Этими и другими сходными вопросами задается психолог, ориентированный на количественный анализ.

То, что Фрейд не соблюдал условностей составления научных отчетов, оставляет простор для сомнений относительно научного статуса психоанализа. (Hook, 1960). Не привносил ли Фрейд в анализируемые случаи то, что хотел в них найти? Не были ли его заключения основаны на собственных предубеждениях, а не на самом материале? Были ли свободные ассоциации пациентов действительно свободными или же те говорили то, что хотел услышать Фрейд? Не создал ли Фрейд сложную, претендующую на универсальность теорию личности на основе высказываний относительно малой группы нетипичных пациентов? Сколько надежных данных в реальности добыл Фрейд и могут ли они считаться подкрепляющими его высокопарные рассуждения? Какие стражи хранили его от влияния собственных предрассудков? Вопросы такого рода ставят под сомнение валидность психоаналитической теории.

Выдающийся психоаналитик Лоуренс Куби (Kubie, L.S.) следующим образом обозначил ограниченность психоанализа как фундаментальной науки.

"В целом они (ограничения) могут быть обозначены так: основной план аналитического процесса обладает необходимой научной валидностью, однако трудности в записи и воспроизведении первичных наблюдений, трудности в плане достаточно свободного изучения циркулярной связи между бессознательным и сознательным, трудности количественной оценки многочисленных переменных и, наконец, трудности в определении того, что увеличивает или уменьшает ясность гипотез и валидность предсказаний все это среди основных научных проблем, которые еще не решены" (1953, сс. 143-144).