Один тип критики связан с утверждением о том, что обнаруживаются серьезные недостатки в эмпирических процедурах, посредством которых Фрейд верифицировал свои гипотезы. Отмечается, что Фрейд проводил наблюдения в неконтролируемых условиях. Фрейд признавал, что не располагает дословными записями того, что говорил он и его пациент во время сеанса, а работал на основе записей, сделанных несколько часов спустя. Невозможно сказать, насколько достоверно эти записи отражают происходящее, но, исходя из результатов исследований по проверке надежности свидетельских показаний, не исключено, что в записях могли быть пропуски и искажения. Допущение Фрейда относительно того, что важное запомнится, а тривиальное забудется, никогда не было подтверждено и представляется малоправдоподобным.

Критики методов Фрейда возражали и против того, что он принимал сказанное пациентом, не пытаясь проверить его слова при помощи каких-либо внешних данных. Такие критики полагали, что следует получить надежные свидетельства родственников, знакомых, изучить документы, данные тестирования, медицинскую информацию. Однако Фрейд утверждал, что для понимания человеческого поведения необходимо глубокое знание бессознательного, что возможно только благодаря методу свободных ассоциаций и анализу сновидений.

Располагая неполной и скорее всего неточной записью, Фрейд делал выводы и заключения на основе рассуждений, которые редко бывали развернутыми. По большей части в работах Фрейда мы находим итог его мышления – сами заключения без того, на чем они основывались, без описания методов анализа; его эмпирические открытия не представлены систематически – количественно либо качественно. Читателя просят принять на веру валидность его индуктивных или дедуктивных операций. Следовательно, ни одно из исследований Фрейда невозможно повторить даже с малой долей уверенности в том, что мы действуем так, как он. Это помогает объяснить, почему другие исследователи пришли к совершенно иным заключениям и почему существует так много интерпретаций одного и того же, по-видимому, феномена.