Эта эра подошла к концу в 1943 г., когда Мюррей оставил Гарвард, с тем, чтобы вступить в армейский медицинский корпус, где в звании майора, а затем подполковника организовал и руководил службой экспертизы для Управления стратегических служб. Его служба получила трудное задание подбора кандидатов для выполнения сложных, секретных и опасных миссий. Итоги деятельности этой группы нашли отражение в книге "Assessment of Men" (1948). В 1946 году за свою работу в вооруженных силах он был награжден орденом "За заслуги". В 1947 году он вернулся в Гарвард на временную работу в качестве преподавателя клинической психологии в только что сформированном департаменте социальных отношений и в 1950 году стал профессором клинической психологии. В 1949 году он организовал отделение клинической психологии при Гарвардском университете и там вместе с несколькими коллегами и студентами – выпускниками осуществлял исследования личности, включая анализ 88 подробных историй болезни. В 1962 году Мюррей стал почетным профессором. Он был отмечен наградой Американской психологической ассоциации "За выдающиеся научные достижения", Золотой медалью Американского психологического фонда за вклад в психологию.

Помимо пересмотра и развития собственных теоретических воззрений, Мюррей обращался к более широким проблемам современности, включая отмену войн и создание единого всемирного государства (1960а, 1961, 1962b). Мюррей считал – и был убежденным сторонником этой идеи – что творчество и разум способны разрешить любые проблемы, стоящие на пути человека. Он резко критиковал психологию за создание негативного образа человека и за ее "злокачественный нарциссизм".

Медицинское и биологическое образование Мюррея, его исследования в этих областях глубоко повлияли – как он постоянно показывает – на его представления о важности физических и биологических факторов поведения. Опыт медика – диагноста очевидным образом воплотился в убеждении относительно того, что личность должна в идеале оцениваться командой специалистов и что при этой оценке должны серьезно выслушиваться высказывания субъекта о самом себе. Интерес к таксономии или классификации поведения, равно как и убежденность в важности тщательного изучения индивидуальных случаев для будущего прогресса психологии, также в значительной мере связаны с его медицинским "базисом". Замечательное знание мифологии (1960b), произведений великой литературы прошлого и настоящего, особенно творчества Мелвилла (Melvill, Н.), обеспечили ему неисчерпаемый источник идей относительно людей, их способности на доброе и злое. Утонченное мышление Альфреда Норта Уайтхеда (Whithead, A.N.) явилось моделью логического и синтетического мышления, в то время как резкий, но блестящий Лоуренс Дж. Хендерсон (Henderson, L. J.) послужил моделью жесткости и критичности. Его признательность этим людям и многим другим, включая несколько поколений студентов, высказано в четырех очень личных документах (1940, 1959, 1967, 1968а). Принимая во внимание столь сложную родословную, не приходится удивляться, что результат столь сложен и многогранен.