Занятия с девочками Ш. М. Эпе начал, не зная специфических приемов обучения глухих. В начале своей деятельности он опирался лишь на теорию замещения утраченного органа чувств сохранным, которая была выдвинута в то время Д. Дидро и развита им в письмах о глухонемых и слепых, а также на принципы природосообразности в педагогике Я. А. Коменского. В практике обучения глухих он применял жесты, которыми девочки пользовались при общении между собой. Ш. М. Эпе позднее говорил, что каждый приступавший к обучению глухонемой уже имеет свой язык, который ему также легок и ясен, как обычная речь. Глухой ребенок в жестовой речи выражает свои нужды, желания, склонности, свою болезнь, печаль и т. д. и никогда не ошибется в понимании, если и другие выражают свои чувства таким же образом. Посредством этой речи глухой ребенок получает поручения и отдает отчет о сделанном.

Успешные занятия с девочками натолкнули Ш.М. Эпе на мысль открыть училище и вести занятия с небольшими группами глухих детей. Ш.М. Эпе обучал глухих бесплатно в собственном доме, по два раза в неделю. Самых бедных из них он даже обеспечивал средствами к существованию.

Количество учащихся в институте Ш.М. Эпе доходило до 75 человек. Филантропическая деятельность Ш.М. Эпе вскоре завоевала общественные симпатии и признание во Франции, а в дальнейшем и в других странах.

Ш.М. Эпе был не только филантропом, но прежде всего учителем-профессионалом, талантливым сурдопедагогом. Вместе с постом популярности Ш. М. Эпе как сурдопедагога укреплялась его уверенность в общественной полезности и необходимости его дела. Ш.М. Эпе стал убеждать в этом своих современников. На занятия с глухими детьми он приглашал виднейших ученых того времени, а также и учителей, занимавшихся индивидуальным обучением глухих. Но королевская власть и духовенство продолжали притеснять Ш.М. Эпе и препятствовать расширению его сурдопедагогической деятельности.

Отдавая много времени на то, чтобы преодолевать трудности, связанные с обучением глухих детей, Ш.М. Эпе одновременно занимался теоретическим обоснованием своего опыта. Он написал две работы. Первый его труд назывался «Обучение глухонемых посредством методических знаков» (1776), а второй — «Истинный способ обучения глухонемых, подтвержденный опытом» (1784). Свои взгляды на роль жестовой, письменной и устной речи в обучении глухих он изложил также в полемических письмах к немецкому педагогу Самуилу Гейнике, который занимался обучением глухих на основе устной речи. Развернувшаяся между двумя педагогами полемика еще больше привлекла внимание к методической системе Ш. М. Эпе и ее достоинствам. Германская Академия наук дала положительную оценку его системе обучения глухих.