После Великой Октябрьской социалистической революции начался наиболее плодотворный период деятельности Н. М. Лаговского. Вскоре он стал активно участвовать в работе отдела социального обеспечения в Петрограде, в ведении которого в то время состояли все учреждения для глухих города и области. По его предложению в Петрограде было открыто первое в России научно-практическое учреждение — Центральный институт глухонемых. В октябре 1918 года Н. М. Лаговский заведовал учебной частью этого института. После переезда в Московскую область он взял на себя заведование Перервинским (Люблинским) институтом глухонемых. Одновременно Н. М. Лаговский руководил сектором глухих детей в школьно-санитарном отделе Наркомпроса. Он организовал медико-педагогическую комиссию по делам глухих для разработки теоретических и организационно-методических вопросов их обучения и воспитания. Комиссия состояла из передовой части врачей и сурдопедагогов.

Авторитет Н. М. Лаговского в Наркомпросе как ученого-сурдопедагога, бескорыстная преданность делу помогли ему осуществить ряд важных практических мероприятий по обучению и воспитанию глухих и прежде всего укрепить положение специальных учреждений в системе народного образования. Н. М. Лаговский принимал самое активное участие в организации и проведении конференций и съездов, проходивших в этот период в Исследовательском институте научной педагогики при 2-м Московском государственном университете.

В 20-е годы Н. М. Лаговский создал ряд книг и пособий для студентов и сурдопедагогов. Он разрабатывал программы по обучению взрослых глухих и методические руководства к ним, букварь для глухих, основы сурдопедагогики для студентов-заочников. Книга Н. М. Лаговского по методике начального обучения глухих взрослых грамоте с использованием дактильной речи во многом сохраняет свое значение до настоящего времени. По принципу сходства и различия дактильных знаков с буквами глухой учащийся овладевал грамотой в течение 40—50 дней-уроков, что для того времени было большим достижением.