Я. Т. Спешнев разделил училище на два отделения. В первое отделение принимались дети, пользующиеся в общении словесной устной речью. Надо полагать, что это были позднооглохшие и слабослышащие дети. Во второе отделение принимались дети, которые общались между собой с помощью жестовой речи. На ее основе их надо было обучать письменной речи.

Опекунский совет разрешил Я. Т. Спешневу провести такую реформу. В то же время этот совет препятствовал ее успешному осуществлению. Как только Я. Т. Спешнев в 1864 году отправился во вторую заграничную командировку, было ликвидировано дифференцированное обучение и была восстановлена прежняя практика обучения. В этой практике эклектически сочеталось обучение устной, письменной, дактильной и жестовой формам речи.

Борьба за реформы в Петербургском училище убедила Я. Т. Спешнева в необходимости произвести коренные принципиальные изменения в его организации. Вместе с тем у него возросло стремление добиться того, чтобы училище из благотворительного Мариинского ведомства было передано в ведение Министерства народного просвещения.

Во время второй командировки за границу по заданию Министерства просвещения Я. Т. Спешнев занимался изучением организации обучения глухих детей в народных школах по системе А. Вланше. По возвращении из-за границы он популяризировал идею А. Бланше о совместном обучении в народных школах глухих и слышащих детей. Я. Т. Спешнев перевел на русский язык книгу А. Бланше «Руководство для наставника об обучении глухонемых в народных школах». Кроме того, в 1865 году им был составлен научный отчет: «Бланше — главный врач Парижского института и его система обучения глухонемых со слышащими-говорящими в народной школе».

Критика Я. Т. Спешневым существовавшей в то время в России организации училищ для глухих была принципиальным подтверждением новой, прогрессивной установки на совместное обучение глухих со слышащими. Он считал, что, обучаясь в народной школе, глухие окажутся перед необходимостью совершенствовать свои способности в чтении с губ и умении говорить устной звуковой речью. При этом он хорошо понимал, что осуществить идею совместного обучения глухих со слышащими в условиях господствовавшей в России системы народного просвещения почти невозможно.