С середины XX века это понятие является одним из ключевых в философской методологии и во многих частных теориях. Различают системы: материальные и абстрактные, простые и сложные, искусственные и естественные, органические и неорганические, статичные и динамичные, детерминированные (вполне определенные) и стохастичные (вероятностные), закрытые и открытые, стационарные и нестационарные.

Принцип целостности. Для понимания поведения системных объектов главным является принцип целостности: свойства системы как целого невозможно свести к сумме свойств составляющих ее частей; ее свойства нельзя вывести из свойств отдельных частей; все элементы, процессы и отношения внутри системы зависят от структурного принципа организации целого. Используя понятие контекста, это можно выразить и несколько иначе: система как целое является контекстом для своих элементов, она определяет собой их смысл и значение.

Данное положение легко проиллюстрировать на примере такой относительно простой (искусственной и неживой) системы, как, скажем, радиоприемник: его свойства не сводятся к свойствам составляющих его деталей — конденсаторов, резисторов, катушек индуктивности; при разборке на элементы свое системное качество принимать из эфира электромагнитные волны и превращать их в звуковые он утрачивает полностью; из деталей, составляющих радиоприемник, можно собрать и генератор, и усилитель; свойства целого быть именно радиоприемником задает его структура — электрическая схема.

Именно структура, принцип построения целого существенны в первую очередь и для системы Станиславского, и для системы Менделеева, и для предметно-классно-урочной системы организации учебного процесса (Ян Амос Коменский) и других подобных объектов. Даже для рассмотрения неживой, но достаточно сложной системы, например твердого (кристаллического) тела, приходится привлекать характеристики', относящиеся не к отдельным атомам, а к кристаллу в целом: про твердое тело уже нельзя сказать, что его свойства определяются атомами, из которых оно состоит: в твердом теле отдельные атомы как таковые уже не существуют, электроны твердого тела принадлежат всему кристаллу в целом.