Подавляющее число церковных школ ограничивалось рудиментарным образованием. В школах бенедиктинцев три года учили началам грамоты, пению псалмов, соблюдению религиозных ритуалов. Немного шире была программа аналогичных школ капуцинов, которая знакомила с религиозным учением и давала общую подготовку (письмо, счет, пение); иногда к этому добавляли начала астрономии.

Основными учебными книгами были Абецедарий и Псалтирь. Абецедарием называлось пособие, напоминающее современный букварь. Оно приобщало учеников к основам христианской веры, которые они сопоставляли с устными наставлениями на родном языке. При изучении Абецедария происходило деление учащихся на тех, кто завершал обучение на элементарном уровне, и тех, кто продолжал учебу. Псалтирь заучивали сначала наизусть, затем (после усвоения алфавита) читали.

Затем учили письму. Писали на вощеных деревянных дощечках металлической заостренной палочкой (стило), т.е. так же, как в античную эпоху Лишь избранные использовали весьма дорогой пергамент (до VI в.), перья и чернила из сажи (чернильницы изготовлялись из рогов животных).

Считать учили по пальцам рук и ног, с помощью определенных жестов. Например, прижатая к груди левая рука означала цифру 10 тысяч, скрещенные руки - 100 тысяч.

Церковные школы, где давалось повышенное образование, исчислялись единицами. Несколько таких школ, например, было в конце VIII в. в Англии, Ирландии и Шотландии. Ряд церковных школ превратился в крупные учебные центры. Так, в начале XII в. в Парижской богословской школе, по свидетельству современников (вероятно, несколько преувеличенному), учились до тридцати тысяч студентов, в том числе 20 будущих кардиналов и 50 будущих епископов.

Обучали в церковных школах повышенного образования по программе семи свободных искусств. Первые формулы такой программы для средневековой Европы выработали философы-педагоги Марциан Капелла (410 - 427), Боэций, Кассиодор, Исидор (570 - 636), Алкуин. Их учебники по программе семи свободных искусств пользовались популярностью вплоть до XIV в. Канон семи свободных искусств обычно включал следующие дисциплины: грамматику (с элементами литературы), диалектику (философию), риторику (включая историю), географию (с элементами геометрии), астрономию (с элементами физики), музыку, арифметику.