К XIII в. влияние бенедиктинцев на духовную жизнь падает. Средневековое общество справедливо обвиняло многих членов ордена в разврате и излишествах.

Первенство в организации монастырских школ захватил орден капуцинов - францисканцев (создан в 1212 г.) и доминиканцев (создан в 1216 г.). У капуцинов обучались по преимуществу дети высших сословий. Во главе учебных заведений ордена стояли видные богословы - Роджер Бэкон (ок. 1214—1292), Фома Аквинский (1225/26—1274).

Церковные школы были важным инструментом религиозного воспитания. В них изучали Библию, богословскую литературу. Так, в школах повышенного типа, руководствуясь установками христианского аскетизма и благочестия, предпочитали изучать /Сенеку, а не Цицерона, Катона, а не Эзопа или Вергилия и т. д. "Для вас достаточно священных поэтов. Нет основания загрязнять умы излишествами стихов Вергилия", - говорил Алкуин своим учениками кафедральной школы в Туре

По тем же причинам почти в полном пренебрежении было физическое воспитание. Христианские учителя руководствовались догматом: "Тело - враг души".

Впрочем, нельзя говорить, что школа совсем забыла, что имеет дело с детьми. Порой устраивались "дни веселья", когда разрешались игры, борьба и пр. Хотя формально каникул не существовало, дети могли отдохнуть от учебы во время многочисленных церковных праздников.

В школах царили жестокие наказания: голод, карцер, избиения. До XI в. учеников били по щекам, губам, носу, ушам, спине, позже - по голому телу. В XIV -XV вв. розгу, палку и плеть сменил бич. В XV в. этот бич стал вдвое длиннее, чем в предшествующее время. Наказания рассматривались как естественное и богоугодное дело. Так, Карл Великий в одном из своих капитуляриев требовал лишать нерадивых учеников пищи. Науку предлагалось вбивать кулаками. Характерно, например, что название популярного в те времена учебника по грамматике "Берегущая спину" как бы предупреждало нерадивых о неотвратимом физическом наказании. Призывы некоторых деятелей церкви (в частности, Ансельма Кентерберийского (1033 - 1109) хоть как-то умерить вакханалию наказаний педагоги не слышали.