Началась серия «проработок», обсуждений, точнее, осуждений «Основ общей психологии» (в Институте философии АН СССР, в Институте психологии Академии педагогических наук РСФСР и т. д., на страницах газет и журналов «Вопросы философии», «Советская педагогика» и т.д.). При первом обсуждении, проходившем в Институте философии с 26 марта по 4 апреля 1947 г., Рубинштейну и тем немногим, кто его поддерживал, удалось как-то «отбиться». Отчасти помогло заключительное слово Б. М. Теплова. Однако все последующие «проработки» ознаменовали полный разгром психологами и философами «Основ общей психологии» и представленного в них деятельностного подхода. Одним из итогов таких «обсуждений» стала разгромная рецензия на оба издания «Основ общей психологии», написанная П. И. Плотниковым и опубликованная в журнале «Советская педагогика» в 1949г. (почти накануне 60-летия Рубинштейна). Рецензия заканчивалась следующими, прямо-таки зловещими словами: «Книга С. Л. Рубинштейна оскорбляет русскую и советскую науку в целом, психологию в частности и отражает "специализированное преломление" его лакейской сущности. Чем скорее мы очистим советскую психологию от безродных космополитов, тем скорее мы откроем путь для ее плодотворного развития». (СНОСКА: Плотников П. И. Очистить советскую психологию от безродного космополитизма // Сов. педагогика. 1949. № 4. С. 19.)

Столь же незаслуженным гонениям был подвергнут и другой лауреат Государственной премии — психофизиолог Н. А. Бернштейн. После Павловской сессии (1950) жертвами гонений стали физиологи Л. А. Орбели, П. К. Анохин и многие другие ученые. (Все они, как и Рубинштейн, были постепенно восстановлены в правах лишь после смерти И. В. Сталина.)

В эти тяжелейшие и чреватые страшными последствиями годы (1948—1953) Рубинштейн продолжает разрабатывать деятельностный подход. Из неопубликованной, но сохранившейся в верстке монографии «Философские корни психологии» вырос новый философско-психологический труд «Бытие и сознание», который удалось опубликовать лишь в 1957 г.

Особенно сильные изменения философско-психологическая концепция С. Л. Рубинштейна претерпела в трактовке человека и теории деятельности (прежде всего в понимании мышления как деятельности). В основе эволюции его взглядов лежит систематически разрабатываемый Рубинштейном философский принцип детерминизма: внешние причины действуют только через внутренние условия. Разработку данного принципа он начал в 1948—1949 гг. (см. комментарии к настоящему изданию), но по вышеописанным причинам смог начать публикацию полученных результатов лишь в 1955 г. (СНОСКА: Рубинштейн С. Л. Вопросы психологической теории // Вопросы психологии. 1955. № 1.) Эту трактовку детерминации Рубинштейн применил к взаимодействию субъекта с объектом, существенно уточнив понимание последнего.