Когда началась Великая Отечественная война против гитлеровской Германии, Рубинштейн остался в осажденном Ленинграде, потому что считал своим гражданским долгом в качестве проректора организовать работу педагогического института в суровых условиях блокады. В первую, самую тяжелую блокадную зиму (1941/42 гг.) он работал над вторым изданием своих «Основ общей психологии», существенно дополняя, развивая и улучшая их первый вариант 1940 г.

Весной 1942 г. первое издание его «Основ общей психологии» было удостоено Государственной премии по представлению ряда психологов, а также выдающихся ученых В. И. Вернадского и А. А. Ухтомского, издавна и глубоко интересовавшихся проблемами психологии, философии и методологии, внесших свой оригинальный вклад в развитие этих наук и высоко оценивших философско-психологический труд С. Л. Рубинштейна.

Осенью 1942 г. Рубинштейн был переведен в Москву, где возглавил Институт психологии и создал кафедру и отделение психологии в Московском государственном университете. (В 1966г. на базе этого отделения А. Н. Леонтьев организовал факультет психологии МГУ.) Сюда в 1943—1944 гг. Рубинштейн пригласил на работу не только своих ленинградских учеников — М. Г. Ярошевского, А. Г. Комм и др., но и сотрудников А. Н. Леонтьева — П. Я. Гальперина и А. В. Запорожца, по-прежнему успешно координируя коллективную творческую работу многих психологов из разных учреждений и научных школ.

В 1943 г. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом АН СССР и становится в ней первым представителем психологической науки. По его инициативе и под его руководством создается в 1945 г. в Институте философии АН СССР сектор психологии — первая психологическая лаборатория в Академии наук СССР. В том же 1945г. он избирается академиком Академии педагогических наук РСФСР. Все это результат большого и заслуженного признания его «Основ общей психологии» (1940).

Особенно широкие перспективы для его новых творческих достижений открылись весной 1945 г., после победы над фашистской Германией. В 1946 г., когда вышло второе, существенно доработанное и расширенное издание «Основ общей психологии», С. Л. Рубинштейн уже правил верстку своей новой книги — «Философские корни психологии». Эта книга по философской глубине намного превосходила «Основы...» и знаменовала принципиально новый этап в дальнейшей разработке деятельностного подхода. Она должна была выйти в свет в издательстве Академии наук СССР и, казалось, ничто этому не могло помешать. Тем не менее набор был рассыпан, и это было лишь начало грозы, разразившейся в 1947 г., когда С. Л. Рубинштейн был обвинен в космополитизме, т. е. «преклонении перед иностранщиной», в недооценке отечественной науки и т. д. В течение 1948—1949гг. его сняли со всех постов; воистину «большие деревья притягивают молнию».