Психофизиологическая проблема анализируется в «Основах общей психологии» в категориях мозговых структур и их функций, что позволяет дать психофизиологическую конкретизацию принципа развития (как единого и для уровня отражательно-деятельностного функционирования психики). Вместе с тем, критикуя концепцию функциональной локализации (как одну из теорий соотношения структуры и функции), Рубинштейн развивает важнейшую идею о том, что в эволюционном ряду соотношение структуры и функции изменяется в пользу последней. «Чем филогенетически древнее какой-либо "механизм", тем строже его локализация» (с. 140 наст. издания), а чем дальше по филогенетической лестнице, тем более статическая локализация сменяется динамической и системной, т. е. в осуществлении одной и той же функции участвуют практически все крупные зоны коры. «Вопрос о функциональной локализации должен разрешаться по-разному для разных генетических ступеней — по одному для птиц, по-другому для кошек и собак и опять-таки по-иному для человека» (там же).

Непреходящая методологическая значимость данных положений может быть раскрыта в контексте последующих событий в истории психологии и физиологии, связанных с уже упоминавшейся Павловской сессией, которая привела к физиологизации психологии. Эта физиологизация проявилась в прямом переносе на человека положений И. П. Павлова об условных рефлексах животных, что в свою очередь вело к стиранию качественных граней между биологией человека и животных, а затем — как к своему следствию — к зачеркиванию специфики биологии человека. Этот пример подтверждает значимость положений Рубинштейна о методологическом учете специфичности соотношений структуры и функции на разных этапах развития, о качественной специфике этого соотношения у животных и человека.

Генетический принцип в вышеуказанном его понимании пронизывает все теоретические построения книги С. Л. Рубинштейна. Как уже отмечалось, сознание рассмотрено здесь во множестве генетических (в широком смысле слова) аспектов, тщательнейшим образом проанализирована предыстория его возникновения — круг проблем классической зоопсихологии, связанный со стадиальностью психики животных, принципами и критериями дифференциации стадий, которые были в центре дискуссий между западноевропейскими и отечественными психологами (В. Келер, В. А. Вагнер и др.). В каждой из глав, посвященных раскрытию сущности психических процессов (познавательных, эмоциональных, речевых, наконец, собственно личностных — волевых и т. д.), представлен раздел, посвященный генезису этого процесса или функции у ребенка. (Эти разделы были сокращены в третьем издании «Основ», но именно поэтому необходимо отметить их стратегически-методологическую роль в первом и втором и данном изданиях книга как реализацию принципа развития во всех аспектах, во всей конкретике психологических этапов развития.) Наиболее общее содержание методологического принципа развития и его наиболее глубокий смысл раскрывает тезис о потенциальности как о безусловной возможности развития человека «безотносительно к какому бы то ни было заранее установленному масштабу», как это формулирует К. Маркс. (СНОСКА: См.: Маркс К., Энгельс Ф. Соч. Т. 46. Ч. 1. С. 476) Именно этим тезисом преодолевается всякое представление о конечности развития, свойственное теориям локализации и жесткости структур, в которых развитие реализуется. (СНОСКА: См.: Принцип развития в психологии. М., 1978.) Развитие — это линия на дифференциацию как усложнение структур, с одной стороны, и на генерализацию — с другой. Генерализация и дает возможность неограниченных гибких обобщенных связей между ними.