Развивая вслед за А. Н. Северцовым и И. И. Шмальгаузеном принцип единства строения и функционирования, Рубинштейн раскрывает важное положение о том, что на разных генетических ступенях складывается соответственно различное соотношение между сторонами этого единства, так же как соотношение между сторонами этого единства существенно для смены генетически-последовательных стадий или структур (с. 93—97 наст. издания). При рассмотрении филогенетической и онтогенетической эволюции Рубинштейн высказывает и разрабатывает две существенные и взаимосвязанные идеи. Первая указывает на взаимообусловливающий характер строения и функции: «не только функция зависит от строения, но и строение от функции» (с. 94 наст. издания). Вторая — на значение образа жизни для целостного процесса развития: «Прямо или косвенно образ жизни играет определяющую роль в развитии и строения, и функции в их единстве, причем влияние образа жизни на строение опосредовано функцией» (с. 95 наст. издания). Из этих идей в свою очередь вытекает методологическая критика стратегии сравнительного исследования, исходящего из примата строения, морфологии и т. д. и потому видящего свою задачу в сравнении разных этапов, стадий, срезов этого строения. Критика Рубинштейна была направлена против подмены генетического принципа сравнительным, (СНОСКА: Рубинштейн С. Л. Проблемы общей психологии. С. 139—140.) но она значима и для обоснования тех же принципов в психологии, отказа от структурно-сравнительного и утверждения функционально-(структурно)-генетического принципа. Эта критика связана прежде всего с качественно новым пониманием онтогенетического развития личности, а потому только на ее основе можно понять сущность лонгитюдного исследования, важность его стратегии. Изучение срезов, сравнение разных возрастов в их сложившихся фиксированных структурах не позволяют вскрыть их генезис, диалектику внешнего и внутреннего, функциональных возможностей структуры того или иного типа и этапа. Рубинштейн указывает на статичность подобных срезовых исследований, не вскрывающих закономерностей развития.

Что дает применение функционально-генетического принципа к решению задач построения системы психологии? Во-первых, он интегрирует оба этапа развития психики—у животных и человека. При этом функциональный аспект психики человека конкретизируется через деятельность. Не поведение (в бихевиористском смысле), а именно функционирование оказывается для Рубинштейна категорией, позволяющей раскрыть непрерывность двух качественно различных этапов развития психики (животных и человека). И это крайне важно для критики бихевиористской традиции в психологии, которая сумела даже павловское учение об условных рефлексах как несомненно функциональную концепцию подвести под поведенческую, сведя условные рефлексы к внешним проявлениям (в поведении). Во-вторых, функционально-генетический принцип позволяет через понимание развития как развития функции и структуры описать в единых категориях психофизиологическую характеристику психики, с одной стороны, и отражательно-деятельностную — с другой. Надо сказать, что вторая задача применения функционально-генетического принципа встала перед Рубинштейном позднее, в 50-е гг., когда так называемая Павловская сессия Академии наук СССР и Академии медицинских наук СССР (1950) потребовала от психологии отказа от специфики своего предмета, когда возникла опасность полной физиологизации психологии.