В 1918 году на базе школы-санатория организуется «Дом изучения ребенка», который в дальнейшем (1921 г.) был преобразован в Медико-педагогическую клинику, а с 1923—1924 годов — в Медико-педагогическую опытную станцию, руководимую В. П. Кащенко. В то время это было единственное центральное опытно-показательное учреждение в области детской дефективности в системе Главсоцвоса.

Как известно, Медико-педагогическая опытная станция оказалась настолько жизнеспособной, что в дальнейшем на ее основе создавались главные научные центры дефектологии: Экспериментальный дефектологический институт, реорганизованный в 1934 году в Научно-практический институт специальных школ и детских домов и, наконец, в 1943 году — в Научно-исследовательский институт дефектологии Академии педагогических наук РСФСР.

Когда в 1920 году был открыт Педагогический институт детской дефективности, его ректором был назначен В. П. Кащенко. Он руководил им до 1924 года, т.е. до того момента, пока институт не был преобразован в дефектологическое отделение педагогического факультета Второго Московского государственного университета. В дальнейшем это отделение было преобразовано в дефектологический факультет Московского государственного педагогического института им. В. И. Ленина.

Одновременно с деятельностью в Медико-педагогической станции и в области дефектологического образования В. П. Кащенко совместно с А. И. Елизаровой (Ульяновой), 3. И. Лилиной, Г. И. Россолимо, А. С. Грибоедовым, М. П. Постовской и другими деятелями народного просвещения отдал много сил делу подготовки съездов и конференций по вопросам борьбы с детской дефективностью.

В. П. Кащенко был назначен председателем организационного комитета по подготовке I Всероссийского съезда деятелей по борьбе с детской дефективностью, проходившего в Москве с 24 июня по 2 июля 1920 года.

С 1923 года и до конца своей жизни (1943 г.) В. П. Кащенко много работает над проблемами логопедии, состоя профессором-консультантом поликлиники Комиссии содействия ученым при Совнаркоме СССР и поликлиники Второго Медицинского института.