2 группа: нарушения невротического круга, сочетающиеся с несформированными по возрасту отдельными cистемами высших психических функций.

3 группа: последствия церебрально-органической недостаточности с психопатологическими расстройствами психоорганического уровня, сочетающиеся с системными нарушениями высших психических функций в форме их «выпадения».

4 группа: психосоциальные нарушения в виде депривационных расстройств (задержанное или дисгармоническое развитие с  патохарактерологическими реакциями) при сформированных по возрасту высших психических функциях.

Выделение степени сформированности по возрасту высших психических функций в качестве одного из ведущих механизмов пограничной интеллектуальной недостаточности дает возможность, во-первых, клинической оценки разной степени пограничной интеллектуальной недостаточности, в том числе  и легких форм, в основе которых лежит гетерохрония морфофункционального созревания мозга.  Во-вторых, - выделения ведущего фактора, определяющего как нарушение высших корковых функций, так и возрастную несформированность отдельных системных ВПФ (чтения, письма, моторики и т. д.) или, пользуясь терминологией В. В. Ковалева, «отдельных компонентов психической деятельности».

Описаны два ведущих симптомокомплекса нейропсихологических показателей, которые обусловливают   пограничную интеллектуальную недостаточность. Первый симптомокомплекс характеризуется отсутствием первичных (структурных) нарушений ВПФ и задержкой формирования по возрасту нового уровня их функциональной организации, отражающего переход с одного этапа онтогенеза на другой. Второй симптокомплекс включает группу нарушений высших психических функций, соответствующих базовым нейропсихологическим синдромам.

Так, для детей 6-7 лет первый симптомокомплекс отражает задержку формирования нового уровня функциональной организации ВПФ на основе высокоопосредованных форм регуляции психической деятельности (преобразование внешней деятельности в структуру умственного плана сознания). Задержка перестройки внутрисистемных отношений  и развития новой иерархической организации психических процессов у детей этого возраста связана с гетерохронией (неравномерностью) созревания фронтальных отделов лобных долей, заднелобных отделов, зоны ТРО (теменно-височно-затылочной), внеслуховых корковых зон левой височной извилины, а так же с несформированностью субили транскортикальных связей отдельных структур головного мозга с фронтальными лобными структурами.