Для большей эффективности и проверки внимательности учащихся к занятиям он предлагает от времени до времени, в процессе занятий, вызывать на ответ отдельных учащихся, поощряя похвалой внимательных и сообразительных, и порицая - невнимательных; если один ученик не дает ответа на поставленный вопрос, то, не повторяя вопроса, быстро вызывать другого, третьего, десятого, тридцатого или предлагать ответить желающему, и опять-таки поощрять похвалой тех, кто быстро и правильно ответит на вопрос, и немедленно исправлять ошибочные ответы, устраняя самые поводы к ошибкам, и таким образом держать в напряженной работе весь класс. Коменский советует дать возможность учащимся в конце урока задавать вопросы учителю по всему пройденному материалу и опять-таки поощрять похвалой тех, кто чаще других задает толковые, полезные для всего класса вопросы. Аналогичным способом рекомендует Коменский вести исправление письменных работ, диктантов и даже упражнений в стиле.

Для сокращения сроков обучения он предлагает насыщать занятия богатым содержанием: не преподавать ничего лишнего и непонятного детям, ничего специального; вести учебные занятия так, чтобы сразу достигать нескольких плодотворных результатов. Так, например, обучение чтению соединять с обучением письму, и наоборот; упражнения в выработке языка и стиля использовать для изощрения у учащихся тонкого понимания предметов и их взаимоотношений, развивая таким образом и наблюдательность, и сообразительность учащихся.

Никто не разрабатывал вопрос об организации школы в целом с такой отчетливостью, как это сделал Коменский. Он настаивает на правильной организации учебного года, учебной недели, каждого учебного часа, на своевременной подготовке всех учебных пособий, на распределении и организации учащихся по классам и т. п. Он первый выдвинул идею планирования учебной работы на крупные и мелкие отрезки времени вплоть до тщательного планирования работы на каждом уроке с постоянными для учащихся заданиями для домашней работы.