По изначальной мысли Гермеса ртуть — мать всех металлов, сера — отец. Алхимия же, ищущая золото — солнце, познает также и человека, лед и пламень двойственной — небесно-земной — человеческой души. Алхимические превращения осуществляются на человеческом материале. В связи с этим важны старинные письмена— советы: «Дыши и надейся!», «Через себя, с собой и в себе». Можно говорить и о герметическом состоянии души, которая — в алхимической вечности, аннигилирующей от действительных соприкосновений с реальностью, и о меркурианском духе — как возможности необычайных превращений.

Существуют еще свидетельства о магической таблице, так называемом Гермесовом инструменте, употреблявшемся для предсказания исхода болезни, которая, по словам позднейших алхимиков, дана Гермесом.

Многие из христианских императоров, особенно римской эпохи, ревностно преследовали магию и приказывали сжигать все магические сочинения, какие только удавалось разыскать. Изучение тайного герметического учения с опорой на древнейшие тексты затруднено еще и в связи с существующим в истории религиозной культуры запретом, обусловленным установкой, что Гермес, как и некоторые другие боги, имея хтони-ческий, или земной, характер, также был связан с преисподней. На этом основании учителя церкви отождествляли его с торжеством адских сил, а любые свидетельства и упоминания о его учении уничтожались.