Венцом образовательной системы являлись высшие учебные заведения. Часть из них была создана еще в античную эпоху в Александрии, Афинах, Антиохии, Бейруте, Дамаске. Высшие учебные заведения имели определенную специализацию. Так, в Афинах и Антиохии упор делался на изучении риторики, в Бейруте - на изучении права, в Александрии -на изучении философии, филологии и медицины.

В 425 г. в Константинополе при императоре Феодосии II была учреждена высшая школа - Аудиториум (от лат. audire - слушать). С IX в. ее стали именовали Магнавра (Золотая палата), по названию одного из помещений императорского дворца. Школа находилась в полном подчинении у императора; никакого самоуправления не существовало. Преподаватели считались государственными служащими, получали жалованье от императора и составляли особую замкнутую корпорацию. Число преподавателей доходило до трех десятков. Среди них были греческие и латинские грамматики, риторы, философы и юристы. Существовали своеобразные кафедры тех или иных наук, которые возглавляли консулы философии, главы риторов и пр. В IX в. школой руководил один из виднейших педагогов своего времени Лев Математик. Он собрал в Магнавре цвет преподавательского корпуса.

Вначале обучение шло на латинском и греческом языках. С VII-VIII вв. преподавание велось исключительно на классическом греческом языке. В XV в. вновь стало обязательным изучение латинского языка, в программу были включены новые иностранные языки, с течением времени обучение приобретало специальную направленность, все большее предпочтение отдавалось юридическому образованию.

Ведущим направлением в константинопольской высшей школе было освоение античного наследия. В пору расцвета в Магнавре изучались философия Платона и неоплатоников, другие классические греческие тексты. Кроме того, обсуждались сочинения христианских богословов, прежде всего, Василия Кесарийского и Иоанна Златоуста. В программу входили метафизика как метод познания природы, философия, богословие, медицина, музыка, история, этика, политика, юриспруденция. Занятия проводились в форме публичных диспутов. Идеальным выпускником считался энциклопедически образованный общественный и церковный деятель.