В 1930-е гг. произошел отход от целесообразных педагогических нововведений 20-х гг. В учебных заведениях насаждался дух казармы, упразднялось самоуправление. В общеобразовательной школе сворачивалось трудовое обучение и наметился возврат к консервативным традициям гимназического образования. Была упразднена система ОПУ. В школе, как и во всем обществе, усиленно насаждался культ личности Сталина.

В чрезвычайно сложном положении оказалась школа в годы Великой Отечественной войны (1941-1945). Масса детей была лишена возможности учиться. В 1941/42 учебном году в РСФСР школу не посещали 25 % учащихся. В дальнейшем ситуация несколько улучшилась: в 1942/43 учебном году занятия не посещали 17 % детей начального школьного возраста, в 1943/44 учебном году - 15 %, 1944/45 учебном году -10-12 %. В ходе войны только на территории РСФСР фашисты разрушили около 20 тыс. школьных зданий. Например, в Московской области к лету 1943 г. фактически было разрушено или полуразрушено 91,8 % школьных зданий, в Ленинградской области - 83,2 %. В районах боевых действий прекратили работу почти все школы. В первом военном 1941/42 учебном году на треть уменьшилось число учеников в четвертых классах. За время войны на треть сократилось количество средних школ. Многие школьные здания были заняты под казармы, госпитали, заводы (в РСФСР на ноябрь 1941 г. - до 3 тыс.). Обычными были занятия в 2-3 и в 4 смены.

В военные годы были приняты правительственные решения, касавшиеся школьного образования: об обучении детей с 7-летнего возраста (1943), об учреждении общеобразовательных школ рабочей молодежи (1943), об открытии вечерних школ в сельской местности (1944), о введении пятибалльной системы оценок успеваемости и поведения учащихся (1944), об установлении выпускных экзаменов по окончании начальной, семилетней и средней школы (1944), о награждении золотыми и серебряными медалями отличившихся учащихся средней школы (1944) и др.

Корректировались учебные планы и программы. Они были частично сокращены. Одновременно вводились военно-оборонные темы и военно-физическая подготовка.