Излюбленная теория Каптерева - о целесообразности отделения воспитания и образования от государства, церкви и политической борьбы. Ученый отказывал государству в праве вмешиваться в воспитание и считал, что им должны заниматься прежде всего родители. Каптерев отстаивал тезисы народности воспитания на основе гражданского согласия, о взаимодействии национального и общечеловеческого воспитания; предостерегал от идеологизации педагогики и национализма. "Универсальные законы воспитания, - писал ученый, - проявляются в отдельно взятой стране", отчего "нелепо говорить о немецкой и английской педагогике как науке. Можно говорить только об английском или немецком воспитании, т.е. о практическом осуществлении научных педагогических начал в условиях английской и немецкой жизни".

Каптерев поддержал идею о том, что полезность служит критерием при отборе образовательного материала. В его трудах имеются мысли о необходимости соблюдать принципы воспитывающего обучения, учитывать психологические особенности детей, сочетать гуманитарное и естественнонаучное образование в гимназии, налаживать связи в обучении, особенно между "родственными" дисциплинами и др. Для Каптерева было характерно стремление опираться на классификацию наук при построении системы общеобразовательных знаний.

Размышляя об учебно-воспитательном процессе, Каптерев пытался раскрыть его психологическую и одновременно социальную сущность. Он понимал педагогический процесс как "один поток развития личности", состоящий из саморазвития и самоусовершенствования. При саморазвитии педагог должен помогать воспитаннику, опираясь на знание свойств его организма и развития. Самоусовершенствование - это прежде всего гармоничная социализация воспитанника (процесс усвоения человеческим индивидом определенной системы знаний, норм и ценностей, позволяющих ему функционировать в качестве полноценного члена общества), развитие всех духовных и физических сил человека.

При философском осмыслении воспитания в русской мысли на рубеже XIX-XX вв. заметно влияние позитивизма и неокантианства (И.С. Андреевский, В.П. Вахтеров), религиозной философии (Н.А. Бердяев, В.В. Зеньковский, В.В. Розанов, С.Л. Франк).