Процесс обучения Ушинский делил на две взаимосвязанные стадии, каждая из которых должна состоять из определенных ступеней и видов работы ученика под руководством учителя. Первая стадия - доведение знания до определенной системы. Она включает последовательное восприятие предметов и явлений; сравнение и сопоставление, выработку предварительных понятий; приведение этих понятий в систему. Сущность второй стадии заключается в обобщении и закреплении приобретенных знаний и умений.

Процесс обучения должен строиться на основополагающих дидактических принципах ("условия преподавания): 1) сознательности и активности ("ясность" и "самостоятельность"), когда происходит "переход от незнания к знанию" ("при такой методе... возбуждается самостоятельная работа головы учащегося"); 2) наглядности (обучение на конкретных образах, непосредственно воспринимаемых учениками, с использованием в качестве основных наглядных средств натуральных предметов, моделей, рисунков); 3) последовательности ("постепенность"); 4) доступности, т. е. "отсутствии чрезмерной напряженности и чрезмерной легкости"; 5) прочности - "твердости усвоения" (ведущий способ - разнообразное повторение: попутное, пассивное и особенно активное, когда ученик -"воспроизводит самостоятельно следы воспринятых ранее представлений").

Ушинский поддерживал общемировую традицию классно-урочной системы, считал ее наиболее целесообразной при организации школьных учебных занятий. Он полагал правильным соблюдать определенную регламентацию такой системы: 1) стабильный состав учащихся в классе; 2) твердый порядок проведения занятий по времени и расписанию; 3) занятия преподавателя со всем классом и с отдельными учениками. Размышляя об уроке как основе классно-урочной системы, Ушинский подчеркивал ведущую роль учителя, отмечал необходимость разнообразных форм урока в зависимости от его задач (объяснение нового материала, закрепление, выяснение знаний учащихся и пр.) В процессе урока в нужных случаях предлагалось изменять его направление.