Первым объектом реформ оказалась высшая школа. К уже существовавшим университетам в Москве, Вильно и Дерпте прибавились новые: Харьковский, Казанский и Петербургский.

Преобразование прежних гимназий, главных народных училищ в гимназии нового типа, а малых народных училищ - в уездные растянулось почти на два десятилетия. Менее всего удалась реформа приходских школ. Их число росло медленно, прежде всего из-за нехватки средств.

В подготовке "Предварительных правил..." 1803 г. и Устава 1804 г. участвовали известные ученые и педагоги: академики Н. Я. Озерецковский, С.М. Румовский, Ф.И. Янкович де Мириево и др. От школьного ведомства руководство осуществлял заместитель министра, бывший воспитатель царя М.Н. Муравьев. Документами подтверждались передовое направление светского образования, преемственность в системе обучения, гуманистические задачи воспитания (о "приучении учащихся к трудолюбию, возбуждения у них охоты к учению, о воспитании честности и благонравия, исправлении дурных наклонностей" и пр.).

Отнюдь не все эти идеи получили воплощение на практике. Так, уже в 1808 г. в гимназиях был введен в качестве обязательного предмета закон божий, хотя изначально он в учебном плане отсутствовал.

Все более заметную роль в школьном деле приобретала частная инициатива. Возникли частные учебные заведения, которые успешно конкурировали с государственными: Ришельевский лицей в Одессе (в дальнейшем был преобразован в университет), Ярославский лицей, Лазаревский Институт восточных языков в Москве, подмосковный пансион В.В. Измайлова, школа А.А. Ширинского-Шихма-това для крестьянских детей в селе Архангельском Смоленской губернии и др.

Заметную роль в становлении частных начальных учебных заведений сыграли декабристы. Декабристы Ф.П. Глинка, Ф.Н. Толстой, С.П. Трубецкой и др. объединились в Вольное общество учреждения училищ по методу взаимного обучения (разработан английскими педагогами А. Беллом (1753-1832) и Дж. Ланкастером (1778-1838). На протяжении четырех лет (1818-1822) в Петербурге были открыты 4 таких училища. Тогда же в квартировавших в северной столице полках были учреждены солдатские школы обучения грамоте. Подобные школы создавали ссыльные участники декабрьского восстания 1825 г.