Весьма примечательным событием стал спор о приоритете греко-латинской образованности. По свидетельству будущего президента США Дж. Адамса, который служил в 1781-1783 гг. в американском дипломатическом представительстве в России, в Петербурге "не было сколько-нибудь хорошего места для изучения латинского и греческого языков".

Оплот греко-латинской образованности, Славяно-греко-латинская академия, вступает в новый период своего развития. Усиливается преподавание русского и греческого языков; вводится преподавание древнееврейского и новых языков, а также целого ряда образовательных предметов (философия, история, медицина). Академия становится исключительно духовно-учебным учреждением и перестает удовлетворять требования нового времени. Ее место занимают университеты.

Если при Петре I царила обязательная ("указная") программа, согласно которой дворянам следовало приобретать известные научно-технические знания, то теперь в соответствующих школах учились лишь дети мелкопоместных дворян. Знать предпочитала учиться светским манерам, наслаждаться театром и иными искусствами.

Подобный поворот отрицательно повлиял на состояние учебных заведений, во главе которых стояли Петербургский и Московский университеты. Так, М.В. Ломоносов свидетельствует, что в Петербургском академическом университете "ни образа, ни подобия университетского не видно". Профессора обычно не читали лекций, студентов как рекрутов набирали из других учебных заведений; новобранцы чаще всего "оказывались не в хорошем состоянии принимать от профессоров лекции". Сходная картина была в Московском университете. При открытии в нем числилось 100 студентов; 30 лет спустя - лишь 8. Занятия в среднем проходили 100 дней в году.

Это не значило, что в университетах замерла научная и педагогическая жизнь. К чтению лекций привлекались иностранные и отечественные ученые. Среди последних С.Н. Котельников (профессор математики), А.П. Протасов (профессор анатомии), Н.В. Попов (профессор астрономии). Профессора Московского университета и Академии наук публиковали русские переводы педагогических трудов Дж. Локка, Я.А. Коменского, Ж.-Ж. Руссо. Они были авторами пособий для школ и домашних учителей, а также проектов школьных реформ. Благодаря их деятельности была создана оригинальная учебная литература по различным отраслям знаний (родному языку, математике, географии, естествознанию и пр.). В трудах профессоров Московского университета и ученых Академии наук ("О пользе наук..." А.Н. Поповского, "Слово о... понятиях человеческих" Д.С. Аничкова и др.) поставлены важные вопросы нравственного, умственного и физического воспитания. Так, подчеркивалась целесообразность использования западного педагогического опыта и русских народных педагогических традиций.