Школьные классы в учебных заведениях Пор-Рояля были небольшими - 5-6 учеников на одного-двух учителей. Педагоги отрицательно относились к оценкам, полагая, что они побуждают школяров к нездоровому соперничеству. Особое внимание уделялось религиозному воспитанию: "Мало говорить, много терпеть, еще больше молиться." Школы размещали в стороне от городской суеты, ближе к природе.

Педагоги Пор-Рояля ставили цель формирования прежде всего рассудочного мышления. Они утверждали, что "нет ничего более ценного, чем здравый смысл и правильное суждение". Вот почему считалось необходимым большую часть занятий направлять на развитие способности к суждениям. Но это не значило, что учителя пренебрегали упражнениями памяти учащихся. Школяры заучивали значительный объем учебного материала, но нагрузки были посильными, т.е. упражнения соответствовали умственным возможностям каждого.

Школы Пор-Рояля давали элементарное, общее и частично высшее образование. В курс входили французский язык, древние и новые языки, история, география, математика, риторика, философия. Программа школ была шагом в модернизации образования. Родной язык оценивался как первооснова обучения, что выглядело новшеством на фоне тогдашней практики школьного образования. Учащиеся писали сочинения и письма на французском языке, используя собственный житейский опыт. Античных классиков часто изучали во французском переводе. Ученики систематически делали самостоятельные переводы, заботясь прежде всего о передаче смысла, а не формы.

До 12-летнего возраста школьники приобретали элементарное образование, овладевая письмом, счетом, изучали географию, приобретали начальные знания по богословию. Затем они осваивали упомянутую программу общего образования. Занятия языками были значительно упрощены. Использовались, например, рекомендации Арно и Лансело преподавать родной язык фонетическим способом, что при архаичности французского письма оказалось наиболее эффективно. По-новому обучали латыни. Сначала ученики интенсивно упражнялись в переводах с латинского на французский, а затем делали самостоятельные переводы французских текстов на латинский язык. На занятиях по истории, географии, математике они получали знания об окружающем мире. Использовались географические карты, изображения орудий труда, предметов быта и пр. Помимо арифметики в программу входили элементы алгебры и геометрии.