Созданный в тиши парижского предместья, "Эмиль" прозвучал подобно грому, возвещая о неизбежной и скорой гибели старого уклада и воспитания. Особую ярость клерикалов и монархистов вызвала четвертая книга "Эмиля", где в разделе "Исповедание веры савойского викария" Руссо выступает против догматов любых религий и церковных организаций, в первую очередь против католицизма.

Началась бешеная травля Ж.-Ж. Руссо. Тотчас после выхода в свет "Эмиль" оказался под запретом. Спустя десять дней после публикации парижский тираж сожгли на костре. Та же участь постигла амстердамский тираж первого издания "Эмиля". Против автора было возбуждено судебное разбирательство. Угроза расправы была столь велика, что Руссо писал в те дни: "Они могут лишить меня жизни, но не свободы. Осталось достойно завершить карьеру".

Властьимущие обрушили на вольнодумца свой гнев. Парижский архиепископ Бомон вносит "Эмиля" в список богохульных книг, являющихся покушением на основы религии и государства. Римский папа Клементий XIII предает Руссо анафеме. Не пришелся по нраву "Эмиль" и многим царствующим особам. Русская императрица Екатерина II написала после прочтения романа: "Особенно не люблю я эмильевского воспитания. Не так думали в наше старое доброе время". После подобного отзыва ввоз "Эмиля" в Россию был запрещен.

Спасаясь от расправы, Руссо искал и не находил постоянного приюта в разных концах Европы. Он был вынужден бежать сначала в Швейцарию, оттуда через Германию - в Англию, куда его пригласил философ Д. Юм. Преследования, жизненные тяготы вызвали у Руссо душевное заболевание.

Лишь в 1767 г., после пяти лет изгнания, под чужим именем Ж.-Ж. Руссо возвращается во Францию. Здесь он завершает свои последние труды ("Исповедь", "Прогулки одинокого мечтателя", "Рассуждения об управлении Польшей" и др.) В этих сочинениях Руссо вновь размышляет о воспитании и особенностях детства. Так, в трактате "Рассуждения об управлении Польшей" (1771-1772) он вновь ставит вопрос о народовластии, рассуждает о содержании национального воспитания, предлагает план светской общественной доступной "школы республики".