Тридцатилетняя война разрушила надежды "чешских братьев" на освобождение родины. Много горя принесла война и самому Коменскому. За годы изгнания он потерял детей, жену, немало близких. В 1656 г. в Лешно сгорели рукописи ученого.

Последние годы жизни педагог проводит в Амстердаме. В Нидерландах ему удалось издать многие свои сочинения. Так, в 1657 г. впервые увидела свет "Великая дидактика" на латинском языке. За четыре года до смерти Я.А. Коменский публикует часть " Всеобщего совета об исправлении дел человеческих" - главного труда своей жизни. В этом своеобразном завещании потомкам выдающийся деятель позднего Возрождения призывал человечество к миру и сотрудничеству. "Всеобщий совет" - итог размышлений Коменского о целях и сущности воспитания. Он пишет, что мудрым и полезным человек становится лишь тогда, когда основную цель жизни видит в "благополучии человеческого рода". Пафос "Всеобщего совета" состоит прежде всего в идее универсального воспитания, которое приведет человечество к миру без войн, социальной справедливости и процветанию. В "Пампедии" (одна из частей "Всеобщего совета") Я.А. Коменский с глубочайшим оптимизмом, верой в беспредельный прогресс человечества, торжество добра над злом обозревает бытие за пределами школы. Ученый мечтает изменить жизненный уклад современников в духе общественного блага. Воспитание в "Пампедии" осмыслено как путь преобразования человечества. С удивительной силой и страстью провозглашены основополагающие педагогические идеи: всеобщее образование народа; демократическая, с преемственными звеньями школьная система; приобщение подрастающего поколения к труду; приближение образования к потребностям общества; нравственное воспитание на началах гуманизма.

Педагогика Я.А. Коменского выражает общее философское видение мира. Его мировоззрение складывалось под влиянием идейных потоков, которые в значительной мере исключали друг друга: античной философии, протестантизма, идей Возрождения. Взгляды Я.А. Коменского представляли собой своеобразное сочетание новых и уходящих идей, но чаша весов неизменно склоняется в сторону прогресса и гуманизма.