Во второй половине XVI в. обозначился положительный поворот в организации обучения. Стоглавый собор (1551) постановил "учинити училища" в домах священников, дьяконов и дьячков. В Москве и других исконно русских городах, а также во вновь завоеванных землях (Казань, Астрахань) при монастырях открывались школы грамоты.

В школах учились только мальчики. Они сначала усваивали азбуку, заучивали слоги; затем читали по букварю отдельные слова и фразы; после этого приступали к чтению Часослова и Псалтыря. Обычно учились по рукописным книгам. Например, использовался богато иллюстрированный Псалтырь Федора Климова (XV в.). В нем было множество рисунков, отражавших реальную жизнь. По манере исполнения рисунки напоминали детский лубок.

Во второй половине XVI в. появляются печатные учебники – азбуки. Основоположником отечественного книгопечатания стал выдающийся просветитель Иван Федоров (1510–1583). По "Азбукам" Федорова могли заниматься дети и взрослые. В качестве дидактического материала в них использовались Священное писание, грамматика Иоанна Дамаскина и азбуки мастеров грамоты.

К концу XVI в. образование делается достоянием не только знати и духовенства, но и зажиточных городских слоев. Однако основная масса населения по-прежнему была невежественной. "...Не найдется и трети, которая знала бы Отче наш и Верую в Бога единого... (Народ) не знает ни школ, ни университетов. Одни священники наставляют юношество чтению и письму, чем немногие, впрочем, занимаются", – писал Маржерет.

Смута, семибоярщина и междуцарствие в начале XVII в. замедлили переустройство образования. Народ оставался благочестивым, но невежественным. Пришло однако время, когда надлежало поступиться благочестием ради образованности. В XVII в. в педагогической мысли и школьном деле происходит своеобразное размежевание, вызванное усилившимся сближением с Западом и различным отношением к западной культуре и образованности. В обществе пробуждается нетерпимость к массовому невежеству низов и слабой образованности верхов.