Высшее образование оказалось ареной соперничества представителей уходящей образованности и новой. Создание новых и реорганизацию уже существовавших университетов брали на себя римская католическая церковь, деятели Реформации и Возрождения.

Так, в германских государствах в XVI-XVII вв. действовали семь университетов (в Кельне, Лейпциге, Вене и др. городах), контролировавшихся Ватиканом. Они являлись опорой традиций схоластической образованности. Свои университеты (studia superiora) открывал орден иезуитов. Университетский курс у иезуитов распадался на два цикла: трехлетний философский и четырехлетний теологический. В основе занятий философией лежало изучение аристотелизма в католической интерпретации. Кроме того, в первом цикле изучались в небольшом объеме математика, геометрия и география.

Из-за усиления связей с феодальной аристократией и католической церковью многие университеты оказались в стороне от гуманистического движения Возрождения.

Первым бастионом Реформации в системе высшего образования в Германии стал реорганизованный М. Лютером и Ф. Меланхтоном Вюртембергский университет (основан в 1502 г.). Этот и другие протестантские университеты XVI в. (Марбургский, Кенигсбергский, Йенский, Гельмштадский и др.) выходили из-под контроля Ватикана и поступали в подчинение светским властям.

В Англии центром влияния Реформации на университетское образование оказался Кембриджский университет. Осуществленные У. Тинделем (1484-1536) и Х. Латимером (1485-1555) перемены привели к демократизации студенчества, в социальном составе которого устойчивое и заметное место заняли представители третьего сословия.

Ряд университетов превратился в центры образованности в духе Возрождения. Поначалу это были университеты Италии (в Павии, Флоренции, Падуи, Милане, Риме). Под влиянием основателей национальной литературы (Данте, Бокаччо, Петрарки) предметом увлечения многих стали культура и искусство античной эпохи.

Крепостью новой образованности сделался Парижский университет, где изучали не только латынь и римскую литературу, но и древнегреческий язык (с 1458). В 40-х гг. XVII в. в программе французских университетов появились сочинения Р. Декарта. В университетах Франции в XVI-XVII вв. существенно переменилось преподавание истории и географии. Вместо анекдотических и малодостоверных сведений изучали подлинную науку, используя глобусы, карты великих географических открытий.