Еще одним присущим гипертексту недостатком является проблема планирования познавательного процесса. Необходимость держать в памяти связи, возникающие при переходе по гиперссылкам, создает дополнительную когнитивную нагрузку. Это может означать то, что некоторые возможности переработки информации, которые могли бы быть нацелены на размышление над материалом вопроса, направляются на другой уровень – мета-уровень (СНОСКА: Более подробно см.: Холодная М.А. Психология интеллекта. Парадоксы исследования. – СПб., 2002. – С. 127-134). С этим явлением можно столкнуться даже в случае простого чтения гипертекста. Читателю или обучаемому предоставляется огромное число возможностей выбора ссылок, по которым можно перемещаться. С другой стороны, одним из неоспоримых преимуществ гипертекстовых систем является то, что обучаемые освобождены от навязываемой линейности мышления. В сердцевине идеи гипертекста лежит предположение о том, что пользователь (в нашем случае – обучаемый) может получить непосредственное преимущество от ассоциаций, пробных мыслей или мимолетных образов тем способом, который просто не допускает обычный текст.

Вот как американский ученый Дж. Канклин говорит об этом: «Эти проблемы не возникли вместе с гипертекстом, тем более было бы неправильно думать, что они связаны с использованием компьютеров. Люди, размышляющие о жизни или над решением научных и творческих задач (писатели, ученые, художники, дизайнеры и т.д.), могли бы сказать, что мозг может создавать идеи быстрее, чем рука может записать их или язык произнести. Всегда есть колебания в усовершенствовании текущей идеи, возвращение к исходным предпосылкам для их усовершенствования, обращение внимания на неясные протоидеи, которые возникают на уровне подсознания. Гипертекст просто предоставляет удивительно усовершенствованный «карандаш» для погружения в мир яркого, разнообразного и продуктивного мышления. Преимущества есть, разумеется, в том случае, если все это действительно нужно для решения поставленной задачи. В противном случае все эти дополнительные возможности просто мешают» (СНОСКА: Conklin J. A Survey of Hypertext. MCC Technical Report. – 1987. – Rev. 2). Подобную особенность гипертекста уже хорошо уловили постоянные посетители Internet. He отрицая важности конкретных знаний, можно предположить, что ценность Всемирной Паутины, которая как раз и является гигантской гипертекстовой системой, во многом определяется не столько изобилием информационных ресурсов, представленных на ее страницах, сколько тем, какие ассоциации и собственные идеи возникают на основе увиденного и прочитанного.