Следует отметить, что гипертекстовые обучающие системы кажутся чем-то почти противоречащим идее традиционных обучающих систем, базирующихся на принципах программированного обучения. Основная предпосылка программированного обучения состоит в том, что в последовательности инструкций обеспечивается практически автоматический или даже принудительный выбор наиболее подходящего для обучаемого шага (работа с теоретическим материалом, прохождение проверочного теста и т.п.). Особенности сценария, в соответствии с которым предлагается изучаемый материал, будут определяться принципиальной педагогической стратегией.

С другой стороны, суть гипертекста состоит в том, что пользователи практически свободны в переходах по ссылкам (связям). Соответственно обучающие системы, базирующиеся на гипертексте, предоставляют пользователю почти полное управление ходом образовательного процесса, обычно это связано как раз с выбором пути по изучаемому материалу. Таким образом, указанная особенность гипертекстовой обучающей системы выглядит как передача обучаемому ответственности за процесс изучения.

Существует множество трудностей, связанных с подобной дидактической особенностью. К ним можно отнести особые требования к созданию приемлемого представления как для предметной области, так и для модели учебной деятельности, поскольку трудно гарантировать снабжение конкретного обучаемого соответствующим материалом в соответствующее время. К сожалению, на практике в подавляющем большинстве гипертекстовых обучающих систем все это просто игнорируется, и обучаемому предоставляется возможность свободного выбора траектории. Поэтому, уточняя терминологию, такие системы правильнее называть и воспринимать как системы для изучения или системы для самостоятельной работы, в отличие от систем, обучающих по жесткому алгоритму.

Тем не менее гипертекстовые системы могут в какой-то мере способствовать реализации принципов программированного обучения при условии включения в применяемый сценарий достаточно жестких ограничений, к числу которых необходимо отнести следующие: замкнутость модулей – использование гиперссылок только внутри данного модуля, например для уточнения понятий или самопроверки с последующим возвращением в «отправную» точку; запрограммированный переход к следующему модулю после успешного прохождения промежуточной проверки качества усвоенных знаний, умений, навыков; автоматизированный выбор степени сложности и способа представления материала в зависимости от результатов предварительного и текущего тестирования обучаемого.