Естественно, что и методы такой науки должны соответствовать ее исходной методологии и теории. И в этой части луриевская нейропсихология также отличается от известных зарубежных методов клинической психологии и нейропсихологии, которые как в недавнем прошлом, так во многих странах и в настоящее время были направлены не столько на качественный анализ дефекта, его природы и механизмов, сколько на его отражение в стандартных психологических тестах. А. Р. Лурия писал о тестах Бине, Бине—Термена и других, что, «перенесенные в большинстве случаев из общей психологии, эти тесты ставили своей конечной задачей не «квалификацию» симптома, а его количественное измерение». В ряде случаев эти тесты носили характер шкал, или «профилей»,.которые включали приемы измерения как отдельных «элементарных» способностей, так и таких сложных видов психической деятельности, как речевые процессы, счет и т. д. Подобные сложные виды деятельности путем этих методов не анализировались, а создавались лишь шкалы, или «профили» (например, шкалы Векслера и др.). Тот же подход обнаруживается и в современной американской нейропсихологии. Многие методы, используемые в нейропсихологии для исследования изменений в психических процессах, возникающих при очаговых поражениях мозга, также не отвечают задачам глубокого качественного анализа и квалификации симптома. Такой подход к психологическому и нейропсихологическому исследованиям естественно не может принести большой пользы ни теории, ни практике.

Нейропсихология, основанная А. Р. Лурия, идет принципиально иным путем. Центр тяжести переносится на исследование самого больного, на изучение природы, механизмов и структуры дефекта, его взаимосвязи со всей психической сферой человека с учетом его личности и т. д. Такой методологический и методический подход теоретически обоснован и исходит из представлений о функциональной и системной организации мозга и сознательной психической деятельности человека, о функциональной системе как психофизиологической основе ВПФ и «функциональных органах», которые формируются на их основе в пласте ВПФ. Нейропсихологический эксперимент в этом случае является не стандартной процедурой, а носит характер динамического «рассуждающего исследования», в процессе которого нейропсихологом последовательно высказываются и проверяются эвристические гипотезы, вычленяются факторы, лежащие в основе дефекта, обнаруживаются нарушенные звенья в структуре дефектного психического процесса, исследуются связи этого дефекта как по горизонтали, так и по вертикали.