Таким образом, в ряде случаев знаки препинания являются основным или единственным средством выявления смысловых отношений в письменном тексте, которые не могут быть выражены при помощи грамматических и лексических средств. Ср.: Профессор сейчас может быть у себя в кабинете. - Профессор сейчас, может быть, у себя в кабинете (синтаксическая роль выделенных слов выявляется только средствами пунктуации). Образуя вместе с буквами общую графическую систему языка, знаки препинания выполняют в ней особые функции.

Пунктуация в русском языке строится в значительной степени на синтаксической основе. Однако это не означает, что пунктуация отражает синтаксическую структуру предложения, подчиняется ей: последняя в свою очередь обусловлена смыслом высказывания, поэтому исходным моментом для строения предложения и для выбора знаков препинания является смысловая сторона речи. Ср. случаи постановки знака препинания, не связанные с синтаксическими правилами, например, постановку так называемого интонационного тире: 1) Ходить долго - не мог; 2) Ходить - долго не мог.

Приведенный пример показывает, что пунктуация связана с интонацией. Однако и в этом случае нет прямой зависимости первой от второй: обе служат средствами выражения смысла речи, причем интонация выполняет эту функцию в устной речи, а пунктуация - в речи письменной. Довольно часты случаи несовпадения пунктуации и интонации (ритмомелодики). Например: 1) Величайший русский поэт Пушкин был основоположником современного русского литературного языка (пауза после слова Пушкин между составом подлежащего и составом сказуемого не обозначается на письме никаким знаком); 2) Он быстро вошел в комнату и, увидя нас, внезапно остановился (после союза и пауза отсутствует, но по существующим синтаксическим правилам ставим здесь запятую). Не следует также забывать, что интонация является одним из средств выражения синтаксических отношений, поэтому характер связи между пунктуацией и интонацией вытекает из общих отношений пунктуации и синтаксического строя речи, о которых говорилось выше.