А. Фрейд не имела медицинского образования. Закончив лицей и получив педагогическое образование в 1914 году, на протяжении пяти лет она работала учительницей. Не встречая возражений со стороны отца, молодая учительница имела возможность посещать его лекции и присутствовать на некоторых заседаниях Венского психоаналитического общества. Проявив интерес к психоаналитическим идеям, в 1918-1921 годах она прошла личный анализ у своего отца. С 1918 года она стала принимать участие в Международных психоаналитических конгрессах. Осуществив самостоятельное психоаналитическое исследование пятнадцатилетней девочки и выступив с докладом «Фантазия избиения во сне и наяву», в 1922 году А. Фрейд стала членом Венского психоаналитического общества.

В 1920 году 3. Фрейд подарил своей дочери кольцо, подобное тому, которое носили особенно приближенные к нему мужчины-аналитики, входящие в состав «тайного комитета». В 1923 году А. Фрейд открыла собственную психоаналитическую практику, а в 1924 году стала членом «тайного комитета», заменив ближайшего сподвижника основателя психоанализа О. Ранка (1884-1939), который, выдвинув свои собственные идеи о травме рождения и не встретив поддержки среди ближайшего окружения 3. Фрейда, вышел из состава данного комитета. В 1924 году она возглавила Венский психоаналитический институт, в котором стала читать лекции по детскому психоанализу. В том же году она повторно прошла анализ у своего отца, в 1931 году — стала секретарем Венского психоаналитического общества.

Летом 1938 года А. Фрейд вместе со своим отцом покинула Австрию и эмигрировала в Англию. После смерти 3. Фрейда она способствовала изданию его собрания сочинений. Во время второй мировой войны А. Фрейд оказывала помощь детям, пострадавшим от бомбардировок Лондона, открыла детский приют-ясли, осуществляла терапевтическую и исследовательскую деятельность. С 1944 по 1949 год была Генеральным секретарем Международной психоаналитической ассоциации. В 1947 году в Хэмпстеде организовала курсы подготовки специалистов в области детского психоанализа, в 1952 году возглавила Хэмпстед-скую клинику детской терапии, которая в 1984 году была переименована в Центр Анны Фрейд.