При злокачественном течении процесса сформировавшиеся в первые годы жизни навыки фразовой речи утрачиваются, и лишь спустя несколько лет речь вновь начинает постепенно развиваться. Но лежащее в ее основе мышление оказывается непоследовательным, бессвязным. Так, девочка, рисуя, разговаривает сама с собой: «Я была в лесу, зарезала вояка... Дощечка, на которую ляжет волк, ее поставили на велосипед... Мы видели много красных платьев на лошадях...». Такие дети выглядят эмоционально опустошенными, равнодушными, потребность в общении со сверстниками и со взрослыми у них отсутствует. Наблюдаются кататонические симптомы в виде стереотипных движений, дети совершают прыжки на месте, прыжки на коленях, хлопки в ладоши, ходят с закрытыми глазами. Возникают также застывания в стереотипных позах, восковидная гибкость, эхопраксия. Многие больные без видимой причины бьют других детей, щиплют их. Течение болезни имеет волнообразный характер с улучшениями состояния (большей частью под влиянием лечения) и последующими ухудшениями. Спустя несколько лет формируется стойкий шизофренический дефект. Психические расстройства нередко сочетаются с эндокринными нарушениями, ожирением.

При более остром начале шизофрении, которое обычно наблюдается в дошкольном и младшем школьном возрасте, у детей возникают беспричинные страхи, которые трудно отличать от проявления рудиментарных галлюцинаторных и бредовых переживаний. Страх обычно сопровождается ощущением присутствия чужого человека. Ребенок начинает плакать, кричать, заглядывает под кровать, указывает на темный угол: «Кто-то плохой пришел!.. Опять волосатая пришла, уйди!..». Вне этих приступов страха ребенок продолжает проявлять опасливость, боится ложиться спать, выходить из дома, задает вопросы, не может ли он отравиться, умереть. Страхи могут приобретать характер навязчивых переживаний, когда ребенок постоянно испытывает потребность совершать ритуальные действия с целью защиты: делает по несколько шагов вперед и назад, старается не дотрагиваться до предметов - «чтобы не умереть». Характерны патологические фантазии, которые, усложняясь, начинают напоминать бредовые идеи: ребенок боится выходить во двор, так как «мальчишки ему уши отрежут», опасается, что кто-то за ним следит, хочет его убить. Детей в состоянии страха не удается ни отвлечь, ни успокоить, их внимание нельзя переключить на что-то другое. Дети утрачивают интерес к окружающему, к игрушкам, становятся раздражительными, их умственное развитие начинает отставать от возраста, но распада речи, подобного тому, который наблюдается в более раннем возрасте, у них не происходит. Более отчетливыми становятся аффективные расстройства, в частности депрессия.