Уже тогда его мало интересовали внешние события жизни. Его волновали психические переживания: сны, фантазии, игры, мысли, которые с детства сопутствовали всему, что затрагивало его душу. "Встречи с иной действительностью, коллизии с бессознательным навсегда врезались в мою душу. Это всегда было роскошью, перед которой все остальное отступало" (стр.11). Но в то время он ни с кем не мог поделиться этими переживаниями и слыл впечатлительным, нервным и замкнутым.

В 1985 году (через год умрет его отец) он приступил к изучению медицины в Базельском университете и через пять лет его закончил. В течение этого времени он продолжал занятия философией, историей, психологией и оккультизмом. (На тему оккультизма он написал свою диссертацию.) К концу учебы он остановил свой выбор на психиатрии.

Чтобы обрести свободу, он едет в Цюрих, где никто не знает ни его, ни его семью. Здесь в 30 лет он защищает докторскую диссертацию при университетской клинике "Бургхельцли" и становится старшим врачом (после Блейлера), который ценил его прежде всего за достижения в исследовании ассоциаций шизофреников.

Эти экспериментальные исследования, которые включают в себя тест словесных ассоциаций, представляют интерес как параллель с работой Морено. Морено, изучив эмоциональное притяжение и отталкивание в межличностных отношениях, пришел к психотерапии социальной структуры (и изобрел социометрию). Юнг при помощи самых современных технических средств (гальванометра и пневмографа) измерял эмоциональные реакции при нарушениях интрапсихических связей. “Травматические” словесные ассоциации всякий раз сопровождали физические реакции, основанные на бессознательных аффектах. В результате этого исследования был открыт так называемый "эмоциональный комплекс" сложной психической травмы, определявший возможное направление индивидуального психотерапевтического лечения.

С 1907 по 1912 год Юнг сотрудничал и дружил с Фрейдом, занимаясь психоанализом.