На основании результатов уже самых ранних своих экспериментов П.К. Анохин пришел к выводу: для понимания приспособительной активности индивида следует изучать не «функции» отдельных органов или структур мозга в их традиционном понимании, как непосредственных отправлений того или иного субстрата (Ю.И. Александров), а организацию целостных соотношений организма со средой. Суть подобных организаций состоит в том, что отдельные вовлеченные в них компоненты не взаимодействуют, а взаимосодействуют, то есть координируют свою активность для получения конкретного результата. Рассмотрев функцию как достижение этого результата, П.К. Анохин дал следующее определение функциональной системы: системой можно назвать только такой комплекс избирательно вовлеченных компонентов, у которых взаимодействие и взаимоотношение приобретают характер взаимосодействия компонентов, направленного на получение полезного результата. Таким образом, ТФС, во-первых, включила в концептуальный аппарат системного подхода изоморфный системообразующий фактор и, во-вторых, кардинально изменила понимание детерминации поведения.

Разработка представлений о качественной специфичности процессов интеграции явилась открытием нового вида процессов в целостном организме — системных процессов, организующих частные физиологические процессы, но несводимых к последним. Открытие системных процессов позволило, в отличие от рассмотрения в качестве основы поведения материально-энергетических отношений между локальным воздействием и реакцией, трактовать поведение как обмен организованностью (информацией) между организмом и средой, осуществляемый в рамках этих информационных процессов. При этом было обосновано положение о том, что системные категории ТФС описывают одновременно и организацию активности элементов организма, и ее связь с организацией внешней среды (В.Б. Швырков, 1995).

В настоящее время психологи и философы в качестве основного препятствия на пути к синтезу психологического и физиологического знания рассматривают появление на уровне психического таких специфических качеств, которыми не обладает физиологическое (P. Churcyland, 1986). Системное решение психофизиологической проблемы, данное В.Б. Швырковым (1978,1995), объединяет психологию и нейронауки и формирует новое направление исследований — системную психофизиологию. В качестве «концептуального моста», соединяющего психологию и нейронауки, в системной психофизиологии использовано развитое в рамках теории функциональных систем представление о качественной специфичности системных процессов, в которых для достижения результатов поведения организуются частые, локальные физиологические процессы, но которые не сводимы к последним. С этих позиций, заменив рефлекторные механизмы поведения на системные, можно принять положение о существовании специфического языка, связывающего психологию и нейронауки и относящегося к поведенческому уровню организации жизнедеятельности (М.Г. Ярошевский, 1996).