Фонематическое восприятие в процессе онтогенеза проходит определенные стадии своего развития. Так, Р. Е. Левиной выделены следующие стадии:

1. Первая стадия - полное отсутствие дифференциации звуков речи. При этом у ребенка нет понимания речи. Эта стадия определяется как дофонематическая.

2. На второй стадии становится возможным различие акустически далеких фонем, в то время как акустически близкие фонемы не дифференцируются. Ребенок слышит звуки иными, чем взрослый. Искаженное произношение, вероятно, соответствует неправильному восприятию речи. Правильное и неправильное произношение не различаются.

3. На третьей стадии ребенок начинает слышать звуки в соответствии с их смыслоразличительными признаками. Однако с предметом соотносится и искаженное, неправильно произнесенное слово. При этом Р. Е. Левина отмечает сосуществование на этом этапе двух типов языкового фона: прежнего, косноязычного и формирующегося нового.

4. На четвертой стадии при восприятии речи у ребенка преобладают новые образы. Экспрессивная речь почти соответствует норме, но фонематическая дифференциация еще нестойкая, что проявляется при восприятии незнакомых слов.

5. На пятой стадии происходит завершение процесса фонематического развития, когда и восприятие, и экспрессивная речь ребенка правильны. Самым существенным признаком перехода на эту ступень является то, что ребенок различает правильное и неправильное произношение.

По Н. X. Швачкину различение звуков, развитие фонематического восприятия происходит в определенной последовательности. Вначале формируется различие гласных, затем различение согласных. Это объясняется тем, что гласные "сонорнее" согласных и в связи с этим воспринимаются лучше. Кроме того, в русском языке, по данным А. М. Пешковского, гласные встречаются в пять раз чаще, чем согласные.

Различение между наличием и отсутствием согласного возникает раньше различения согласных. Раньше других согласных ребенок выделяет в речи сонорные. Это, по-видимому, объясняется тем, что сонорные звуки по своей акустической характеристике наиболее близки к гласным. Среди шумных согласных раньше других начинают выделяться артикулируемые шумные звуки, т. е. звуки, которые уже имеются в речи ребенка. До этой стадии ведущую роль в развитии фонематического восприятия играл слух, затем начинает оказывать влияние артикуляция.