Патогенез эмбриофетопатии может быть объяснен двумя основными механизмами. Первый связывают с тератогенным воздействием алкоголя на нервные клетки эмбриона и плода. Показано, например, что в базальных ядрах мозга у детей с алкогольным синдромом плода наблюдается уменьшение количества нервных клеток и их повреждение. Под воздействием этанола происходит атрофия коммуникационных проводящих путей, связывающих полушария головного мозга (мозолистое тело). Алкоголь существенно влияет также на миграцию нервных клеток в процессе закладки головного мозга, в результате страдает их функция. Второй возможный механизм повреждающего действия алкоголя связывают с аутоиммунными процессами.

Наряду с тератогенным действием этанол обладает и фетотоксическим эффектом, основными клиническими проявлениями которого являются внутриутробная задержка роста и гипотрофия, функциональная незрелость и, как следствие, нарушение процессов адаптации новорожденных, высокая заболеваемость и смертность в раннем неонатальном периоде.

Перинатальная смертность новорожденных при систематическом употреблении матерью алкогольных напитков во время беременности достигает 17-21 %. Ее причинами в основном являются: гипоксия и асфиксия плода, тяжелая пренатальная гипотрофия, функциональная незрелость органов и систем, несовместимые с жизнью врожденные пороки развития.