О расхождении объяснения и понимания можно говорить применительно не только к взаимодействию природы и человека, но и к самой природе, рассматриваемой вне контекста целей и намерений человека. По поводу вопроса, понял ли он эйнштейновскую теорию относительности, Гейзенберг, в частности, говорит: «Я был в состоянии ответить лишь, что я этого не знаю, поскольку мне не ясно, что, собственно, означает слово „понимание“ в естествознании. Математический остов теории относительности не представляет для меня трудностей, но при всем том я, по-видимому, так ещё и не понял, почему движущийся наблюдатель под словом „время“ имеет в виду нечто иное, чем покоящийся. Эта путаница с понятием времени остаётся мне чуждой и пока ещё невразумительной… У меня такое ощущение, что я в известном смысле обманут логикой, с какой действует этот математический каркас. Или, если хочешь, я понял теорию головой, но не понял сердцем». Гейзенберг обосновывает своё сомнение в возможности отождествлять предварительную вычисляемость с пониманием также примерами из истории. Древнегреческий астроном Аристарх уже допускал возможность того, что Солнце находится в центре нашей планетной системы. Однако эта мысль была снова отвергнута Гиппархом и забыта, так что Птолемей исходил из центрального положения Земли, рассматривая траекторию планет в виде нескольких находящихся друг над другом кругов, циклов и эпициклов. При таких представлениях он умел очень точно вычислять заранее солнечные и лунные затмения, и его учение поэтому в течение полутора тысяч лет расценивалось как надёжная основа астрономии. Но действительно ли Птолемей понимал планетную систему? Разве не Ньютон, знавший закон инерции и применявший концепцию силы как причины изменения скорости движения, впервые действительно объяснил движение планет через тяготение? Разве не он первый понял это движение?

Другой пример касается электричества. Когда в конце XVIII в. были точнее изучены электрические явления, существовали весьма точные расчёты электростатических сил между заряженными телами. В качестве носителей этих сил выступали тела, как и в ньютоновской механике. Но лишь после того, как Фарадей видоизменил вопрос и поставил проблему силового поля, то есть разделения сил в пространстве и времени, он нашёл основу для понимания электромагнитных явлений, которые затем Максвелл смог сформулировать математически.