Стало очевидным, что такая система отбора учащихся вспомогательных школ не может обеспечить объективности и научности в этом вопросе. Так боязнь Наркомпроса впасть в педологические ошибки приводила к новым ошибкам. Но уже в 1938 году в новом варианте инструкции по отбору учащихся рекомендовалось обследовать самого ребенка, а в дальнейшем такое обследование стало обязательным.

В целях лучшей организации учебного режима во вспомогательной школе Наркомпрос устанавливал предельную норму учащихся в школе – 200 детей, а в классе – 16. Занятия во всех вспомогательных школах рекомендовалось проводить в одну смену, а во вторую половину дня организовывать кружковые занятия и помощь в приготовлении домашних заданий. В приказе были предусмотрены также мероприятия по улучшению трудовой подготовки учащихся и физического их воспитания. Были даны указания по улучшению руководства вспомогательными школами, подбора кадров, по повышению квалификации учителей, изданию учебников и пособий.

После того, как был пересмотрен состав учащихся вспомогательных школ, сеть этих школ значительно сократилась. Новый состав учащихся позволил развернуть работу во вспомогательной школе в соответствии с ее спецификой и задачами обучения и воспитания умственно отсталых детей.

В 1938 году были выпущены новый учебный план и программы для вспомогательной школы, в которых более рационально решались вопросы сочетания общеобразовательной и профессионально-трудовой подготовки учащихся.

Новый учебный план и программы ставили цель – дать учащимся вспомогательной школы общеобразовательную подготовку в объеме четырехлетней начальной школы в течение семи лет. Лишь отдельные разделы программы по арифметике, естествознанию, географии и истории были сокращены или расширены, с учетом доступности материала и того, что вспомогательная школа для большинства ее учащихся является учебным заведением, где завершается их образование.

По всем учебным предметам для вспомогательных школ начали издаваться специальные учебники.