Согласно первому значению эволюционной эпистемологии, акцент приходится на вопросы об эволюции органов познания, когнитивных структур и познавательных способностей, обеспечивающих возможность адекватного отражения мира. Суть его в утверждении, что наш познавательный аппарат — результат эволюции. В течение миллионов лет нервная система и органы восприятия живых организмов трансформировались таким образом, чтобы обеспечить максимально адекватное отражение реальности. А если бы организм не был обеспечен такого рода приспособлениями, его существование и развитие было бы невозможно. Аксиомой является то, что только те организмы, чья перцептуальная система позволяет действовать адекватно и удовлетворительно в условиях их окружения, выживают и дают потомство. Субъективные структуры познания соответствуют реальности, ибо именно такое состояние обеспечивает возможность выживания. Этот аспект хорошо показан в тезисе К. Лоренца: «Наши познавательные способности есть достижение врожденного аппарата отражения мира, который был развит в ходе родовой истории человека и дает возможность фактически приближаться к внесубъективной реальности. Степень этого соответствия в принципе поддается исследованию...» (СНОСКА: Современные теории познания. М., 1992. С. 83).

Второе значение эволюционной эпистемологии есть непосредственно предмет философии науки, потому что в нем акцент перемещен на модель роста научного знания, которая оказывается по своему характеру и особенностям эволюционной. Здесь речь идет об эволюционной эпистемологии как одной из концепций философии науки. Она указывает на динамику научного знания, эквивалентную логическому истолкованию динамики эволюции. Данное направление называют также эволюционной теорией науки.

Когда говорят о различии эволюционной теория познания (ЭТП) и эволюционной теории науки (ЭТН), то имеют в виду следующее. Первая (ЭТП) исследует становление и формирование познавательного аппарата. Вторая (ЭТН) занимается продуктами познания: гипотезами, теориями, концепциями. За первой — миллионы лет, за второй — десятилетия. Первая опирается на естественно-научное понятие эволюции; вторая — на его метафорическое значение.