После этого начиналась первая ступень посвящения — подготовления. Она длилась от двух до пяти лет. И на всем протяжении послушники должны были соблюдать на уроках абсолютное молчание. Муза молчания освещала эту ступень.

Вторая ступень очищение датировалась «золотым днем», когда Пифагор вводил нового ученика во внутренний двор своего жилища. С этой эзотерической (внутренней) ступени и начиналось собственно посвящение. Рядом с жилищем Пифагора был построен храм, где он занимался со своими учениками. Внутри храма были расположены мраморные статуи эзотерических муз, которые помимо мифологических имен носили еще и имена тех оккультных наук и священных искусств, которые охраняли. В центре располагалась статуя музы Гестии. Левой рукой она защищала пламя очага, правой указывала на небо. Гестия олицетворяла собой теософию. Урания наблюдала за астрономией и астрологией. Полигимния владела искусством потусторонней жизни и прорицания. Мельпомена представляла науку жизни и смерти, трансформаций и перевоплощений.

После этих верховных муз, представлявших собой космогонию и небесную физику, располагались музы человеческой или психической науки: Каллиопа, олицетворявшая медицину; Клио — магию; Эвтерпа – мораль.

Следующая группа заведовала земной физикой: Терпсихора — наукой элементов; Эрато — наукой о растениях; Талия — наукой о животных.

Пифагор учил, что дело посвящения состоит в приближении к великому существу, в уподоблении Ему, в возможном усовершенствовании, в господствовании над всеми вещами посредством разума, в достижении той же активности, какой отличается невидимый огонь. Ибо «Ваше собственное существо, ваша собственная душа не представляет ли из себя микрокосм, малую Вселенную? Она полна бурь и несогласий. И задача том, чтобы осуществить в ней единство гармоний» (СНОСКА: Там же. С. 256).

Великая Монада — единица — действует посредством творческой диады — двойки. С момента проявления Бог двойственен, он включает начало мужское, активное, и начало женское, пассивное, или пластическую живую материю.